80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3740 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 		 402 aa  770    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  35.58 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  32.09 
 
 		 374 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  32.83 
 
 		 374 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  33.13 
 
 		 383 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  33.63 
 
 		 367 aa  109  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  31.69 
 
 		 368 aa  106  8e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  30.63 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  31.21 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  34.02 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  30.03 
 
 		 352 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  33.03 
 
 		 374 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  33.54 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  33.54 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  33.54 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  33.54 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  32.81 
 
 		 348 aa  100  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  32.93 
 
 		 348 aa  100  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  33.23 
 
 		 348 aa  99  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  33.44 
 
 		 348 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  36.45 
 
 		 358 aa  97.8  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  34.41 
 
 		 375 aa  97.4  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  31.91 
 
 		 343 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  30.87 
 
 		 352 aa  96.7  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  29.85 
 
 		 352 aa  97.1  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  28.38 
 
 		 389 aa  94.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  28.26 
 
 		 367 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  33.09 
 
 		 352 aa  92  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  30.3 
 
 		 358 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  27.16 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  35.81 
 
 		 348 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  31.17 
 
 		 354 aa  88.6  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  35.35 
 
 		 348 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  35.35 
 
 		 348 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  35.35 
 
 		 348 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  35.35 
 
 		 348 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  28.57 
 
 		 362 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  32.68 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  33.19 
 
 		 355 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  30.96 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  32.04 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  31.64 
 
 		 351 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  31.64 
 
 		 351 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  29.48 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  28.74 
 
 		 362 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  30.15 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  29.27 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  27.52 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  26.71 
 
 		 362 aa  69.7  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  28.82 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  27.22 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  27.04 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  25.86 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  29.71 
 
 		 344 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  27.25 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  31.03 
 
 		 355 aa  62.4  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  27.41 
 
 		 371 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  29.51 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  30.59 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  26.3 
 
 		 375 aa  60.5  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  26.97 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  29.71 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  24.57 
 
 		 349 aa  56.2  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  27.11 
 
 		 343 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  25.9 
 
 		 343 aa  55.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  27.91 
 
 		 354 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  26.64 
 
 		 366 aa  55.5  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  24.43 
 
 		 343 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  24.16 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  24.59 
 
 		 364 aa  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  21.34 
 
 		 383 aa  49.7  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  34.91 
 
 		 355 aa  47  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  25.55 
 
 		 352 aa  45.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  25.54 
 
 		 350 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  22.49 
 
 		 355 aa  45.1  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49500  ammonia monooxygenase  31.03 
 
 		 364 aa  44.7  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00868936  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  27.22 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  23.18 
 
 		 342 aa  43.5  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  25.82 
 
 		 353 aa  43.5  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1772  membrane protein AbrB duplication  32.73 
 
 		 365 aa  43.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.768423 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>