164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0202 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  100 
 
 		 278 aa  567  1e-161  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  69.38 
 
 		 316 aa  369  1e-101  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  56.6 
 
 		 328 aa  300  1e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  56.23 
 
 		 306 aa  297  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  56.41 
 
 		 273 aa  295  4e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  56.11 
 
 		 315 aa  295  5e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  56.11 
 
 		 315 aa  295  5e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  56.11 
 
 		 315 aa  295  5e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  56.87 
 
 		 317 aa  295  8e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  53.02 
 
 		 295 aa  293  3e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  54.14 
 
 		 346 aa  281  1e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  53.28 
 
 		 393 aa  277  1e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  52.65 
 
 		 330 aa  275  9e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  50.54 
 
 		 332 aa  272  6e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  52.55 
 
 		 274 aa  265  4e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  47.81 
 
 		 321 aa  259  4e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  50.6 
 
 		 396 aa  255  5e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  47.94 
 
 		 331 aa  250  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  48.31 
 
 		 344 aa  250  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  42.9 
 
 		 318 aa  248  5e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  50.2 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  47.55 
 
 		 343 aa  244  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  45.3 
 
 		 344 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  45.56 
 
 		 273 aa  242  6e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  45.32 
 
 		 347 aa  238  8e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  48.32 
 
 		 391 aa  238  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  45.53 
 
 		 293 aa  232  6e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  45.13 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  39.92 
 
 		 276 aa  206  4e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  41.43 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  38.13 
 
 		 280 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  36.72 
 
 		 312 aa  188  7e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  40.54 
 
 		 300 aa  188  8e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  40.78 
 
 		 284 aa  188  8e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  37.89 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  34.78 
 
 		 283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  38.27 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  36.58 
 
 		 259 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  39.02 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  36.58 
 
 		 259 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  34.7 
 
 		 284 aa  176  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  34.33 
 
 		 274 aa  176  3e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  38.04 
 
 		 285 aa  176  6e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  37.5 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  35.29 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  38.36 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  37.02 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  35.29 
 
 		 270 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  35.19 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  35.36 
 
 		 259 aa  161  9e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  32.18 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  36.12 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  35.84 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  35.68 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  32.02 
 
 		 254 aa  155  8e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  32.18 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  33.92 
 
 		 286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  31.07 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.27 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  35.46 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  33.21 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  33.09 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  35.94 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  32.48 
 
 		 273 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  32.25 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  33.22 
 
 		 278 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  33.82 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  33.96 
 
 		 334 aa  148  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  32.68 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  34.35 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  31.25 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  34.43 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  34.51 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  32.99 
 
 		 331 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  31.95 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  35.41 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  30.69 
 
 		 270 aa  145  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  32.46 
 
 		 270 aa  145  6e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  30.32 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  33.82 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  33.95 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  31.42 
 
 		 320 aa  142  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  31.72 
 
 		 328 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  30.3 
 
 		 270 aa  142  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  32.47 
 
 		 341 aa  141  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  31.43 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  31.5 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  30.77 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0771  hypothetical protein  29.92 
 
 		 270 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.437785  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0808  hypothetical protein  29.92 
 
 		 270 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.813427  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0904  Ku protein  29.92 
 
 		 270 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42744e-43 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  31.64 
 
 		 375 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  33.1 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  31.72 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.71 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0719  hypothetical protein  31.14 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0188133  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  29.92 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  32 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  31.79 
 
 		 347 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  31.86 
 
 		 325 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>