193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3738 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3738  hypothetical protein  100 
 
 		 303 aa  578  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4998  hypothetical protein  61.35 
 
 		 300 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390809  normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2587  hypothetical protein  54.58 
 
 		 284 aa  278  7e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0450  protein of unknown function DUF6 transmembrane  56.06 
 
 		 294 aa  263  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.267531  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.14 
 
 		 295 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3079  hypothetical protein  55.2 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334626  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2060  hypothetical protein  55.32 
 
 		 294 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  hitchhiker  0.00448812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5123  hypothetical protein  53.04 
 
 		 304 aa  252  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.142445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2554  hypothetical protein  47.67 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4039  Premeases of the drub/metabolic transporter protein  51.25 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.03 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0848809 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3690  hypothetical protein  47.35 
 
 		 288 aa  231  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0304  hypothetical protein  50.19 
 
 		 290 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0506  hypothetical protein  48.94 
 
 		 290 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0252698 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0534  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.17 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3580  hypothetical protein  46.67 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3062  hypothetical protein  48.3 
 
 		 288 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.161297  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7612  hypothetical protein  46.81 
 
 		 290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236304  normal  0.110479 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0394  hypothetical protein  48.47 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.236549  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0507  hypothetical protein  48.86 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6429  hypothetical protein  44.21 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6084  hypothetical protein  44.21 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1798  hypothetical protein  39.6 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4887  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.36 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0311  hypothetical protein  37.28 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.012738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5668  hypothetical protein  37.4 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1560  hypothetical protein  43.86 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112464 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0240  hypothetical protein  38.21 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.904701 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0343  hypothetical protein  38.91 
 
 		 289 aa  116  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.99772  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3144  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.39 
 
 		 281 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000163961  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1646  hypothetical protein  30.62 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.866595  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0186  hypothetical protein  32.41 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2045  hypothetical protein  29.72 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000341344  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3219  hypothetical protein  43.9 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.759716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.28 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2435  hypothetical protein  26.16 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001929  permease  26.34 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1959  hypothetical protein  29.71 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.101778  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00560  permease  25.19 
 
 		 302 aa  65.1  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2994  integral membrane protein  27.27 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0384  hypothetical protein  26.79 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.128804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0872  hypothetical protein  26.71 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0557  hypothetical protein  28.63 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.552621 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1897  hypothetical protein  26.18 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0933  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.77 
 
 		 311 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.273134 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2056  hypothetical protein  25.25 
 
 		 295 aa  62.4  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2247  hypothetical protein  32.45 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.654485 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3584  hypothetical protein  27.87 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0998298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1593  hypothetical protein  26.24 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2367  hypothetical protein  32.45 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.169121  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1749  hypothetical protein  26.59 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.880774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1771  hypothetical protein  26.24 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.860733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1688  hypothetical protein  26.22 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1686  hypothetical protein  26.22 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.605003 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1390  hypothetical protein  28.39 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1653  hypothetical protein  23.42 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0949  hypothetical protein  31.98 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2084  hypothetical protein  23.42 
 
 		 293 aa  57  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1556  hypothetical protein  23.42 
 
 		 293 aa  57  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.137384  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2630  hypothetical protein  34.34 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.815333 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0277  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.72 
 
 		 325 aa  56.2  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  27.6 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1701  hypothetical protein  23.05 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1367  hypothetical protein  28.81 
 
 		 318 aa  55.1  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2175  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.13 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.233434  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2058  hypothetical protein  25 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0938431  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  35.54 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3410  hypothetical protein  28.42 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.708924  hitchhiker  0.00480919 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1143  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.9 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0271281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2190  hypothetical protein  23.42 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962602  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3467  hypothetical protein  25.91 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1026  hypothetical protein  28.52 
 
 		 295 aa  53.9  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.715879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1865  hypothetical protein  28.83 
 
 		 328 aa  53.9  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0265  hypothetical protein  24.51 
 
 		 307 aa  53.5  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.726467  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2351  hypothetical protein  34.62 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.240563 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1125  integral membrane domain-containing protein  32.12 
 
 		 306 aa  53.1  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1951  hypothetical protein  29.07 
 
 		 308 aa  53.1  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0393459  normal  0.0245996 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5670  hypothetical protein  32.03 
 
 		 309 aa  52.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  37.61 
 
 		 294 aa  53.1  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3357  hypothetical protein  28.52 
 
 		 295 aa  52.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000721544  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3485  hypothetical protein  28.52 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000551734  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0926  hypothetical protein  29.41 
 
 		 305 aa  52.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1716  hypothetical protein  34.62 
 
 		 309 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2328  hypothetical protein  34.62 
 
 		 309 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3320  hypothetical protein  30.65 
 
 		 308 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.507234  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1041  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.65 
 
 		 308 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0132992  hitchhiker  0.00000125365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  38.46 
 
 		 288 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2070  hypothetical protein  27.36 
 
 		 297 aa  51.2  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3538  hypothetical protein  30.65 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.149446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4623  hypothetical protein  25.56 
 
 		 328 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1011  hypothetical protein  30.8 
 
 		 298 aa  50.8  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0158427  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3483  hypothetical protein  24.82 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.556411  normal  0.164721 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0303  hypothetical protein  32 
 
 		 287 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.193883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  31.32 
 
 		 289 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0804  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.54 
 
 		 299 aa  50.4  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.297153  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1374  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.55 
 
 		 300 aa  50.8  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124016  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4555  hypothetical protein  24.82 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.253023  normal  0.785302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2825  hypothetical protein  25.82 
 
 		 301 aa  50.4  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.693217  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02670  predicted permease, DMT superfamily  28 
 
 		 319 aa  50.1  0.00005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1024  hypothetical protein  33.52 
 
 		 330 aa  50.1  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>