145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2554 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2554  hypothetical protein  100 
 
 		 296 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  84.75 
 
 		 295 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  82.43 
 
 		 296 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0848809 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4039  Premeases of the drub/metabolic transporter protein  76.66 
 
 		 294 aa  431  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3079  hypothetical protein  64.71 
 
 		 296 aa  363  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334626  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3580  hypothetical protein  57.99 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122357  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0450  protein of unknown function DUF6 transmembrane  58.68 
 
 		 294 aa  299  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.267531  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2060  hypothetical protein  59.57 
 
 		 294 aa  292  5e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  hitchhiker  0.00448812 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0506  hypothetical protein  57.75 
 
 		 290 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0252698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7612  hypothetical protein  57.29 
 
 		 290 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236304  normal  0.110479 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3690  hypothetical protein  53.52 
 
 		 288 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2587  hypothetical protein  54.64 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5123  hypothetical protein  52.86 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.142445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3062  hypothetical protein  55.48 
 
 		 288 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.161297  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0304  hypothetical protein  55.79 
 
 		 290 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0534  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54.96 
 
 		 288 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4998  hypothetical protein  47.92 
 
 		 300 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390809  normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0507  hypothetical protein  56.14 
 
 		 289 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0394  hypothetical protein  50.55 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.236549  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3738  hypothetical protein  47.67 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6084  hypothetical protein  42.4 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6429  hypothetical protein  42.4 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1798  hypothetical protein  42.23 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4887  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.6 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0311  hypothetical protein  37.41 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.012738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0240  hypothetical protein  38.16 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.904701 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1560  hypothetical protein  38.81 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0343  hypothetical protein  36 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.99772  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5668  hypothetical protein  32 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1653  hypothetical protein  30.38 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2084  hypothetical protein  30.38 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1556  hypothetical protein  30.38 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.137384  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1701  hypothetical protein  30.38 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138708  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2175  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.45 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.233434  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0186  hypothetical protein  30.41 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1771  hypothetical protein  30.65 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.860733 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1749  hypothetical protein  31.03 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.880774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1593  hypothetical protein  30.65 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1688  hypothetical protein  30.65 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1686  hypothetical protein  30.65 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.605003 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0557  hypothetical protein  30.13 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.552621 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3219  hypothetical protein  42.31 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.759716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1646  hypothetical protein  27.87 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.866595  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01431  predicted methyl viologen efflux pump  31.07 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01443  hypothetical protein  31.07 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2184  hypothetical protein  31.07 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3144  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.33 
 
 		 281 aa  70.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000163961  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2045  hypothetical protein  26.73 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000341344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2056  hypothetical protein  27.65 
 
 		 295 aa  67  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2435  hypothetical protein  25.86 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0872  hypothetical protein  28.09 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1897  hypothetical protein  27.05 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0384  hypothetical protein  25.27 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.128804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  26.14 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1367  hypothetical protein  28.24 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3485  hypothetical protein  29.64 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000551734  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3357  hypothetical protein  29.41 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000721544  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1026  hypothetical protein  29.04 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.715879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0926  hypothetical protein  25.18 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1542  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.09 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0530  hypothetical protein  31.18 
 
 		 341 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.584657  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.74 
 
 		 292 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0400  hypothetical protein  28.3 
 
 		 328 aa  55.5  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.552264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1959  hypothetical protein  27 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.101778  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5633  hypothetical protein  27.52 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.89 
 
 		 291 aa  54.3  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.24 
 
 		 314 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1370  hypothetical protein  25.08 
 
 		 321 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  0.119538 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1735  inner membrane protein YddG  30.46 
 
 		 162 aa  53.5  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.763898  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0023  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.95 
 
 		 291 aa  53.1  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1390  hypothetical protein  29.41 
 
 		 303 aa  52.4  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  32.52 
 
 		 294 aa  52.4  0.000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1274  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.02 
 
 		 277 aa  52  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.320478  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2070  hypothetical protein  31.58 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2645  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.51 
 
 		 309 aa  52  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  25.27 
 
 		 315 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  25.67 
 
 		 289 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00560  permease  23.33 
 
 		 302 aa  50.8  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2058  hypothetical protein  25.77 
 
 		 303 aa  50.4  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0938431  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2994  integral membrane protein  25.29 
 
 		 303 aa  50.4  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1505  hypothetical protein  24.37 
 
 		 305 aa  49.7  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3483  hypothetical protein  25.65 
 
 		 314 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.556411  normal  0.164721 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4555  hypothetical protein  25.65 
 
 		 314 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.253023  normal  0.785302 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2190  hypothetical protein  25.34 
 
 		 298 aa  49.3  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962602  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0644  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.9 
 
 		 287 aa  49.3  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000380606  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4623  hypothetical protein  25.67 
 
 		 328 aa  48.5  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0949  hypothetical protein  31.16 
 
 		 397 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  30.97 
 
 		 310 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1856  hypothetical protein  39.13 
 
 		 299 aa  47.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  25.95 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0144  hypothetical protein  25.82 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001929  permease  23.92 
 
 		 302 aa  47.4  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1359  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.07 
 
 		 305 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3320  hypothetical protein  31.74 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.507234  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0348  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.28 
 
 		 309 aa  47.4  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0150113 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0277  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.56 
 
 		 325 aa  47  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0057  hypothetical protein  28.26 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1239  hypothetical protein  25.89 
 
 		 295 aa  47  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000937843  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0743  hypothetical protein  27.07 
 
 		 299 aa  46.2  0.0006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  23.15 
 
 		 303 aa  46.2  0.0006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>