More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0057 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0057  hypothetical protein  100 
 
 
303 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1995  O-acetylserine/cysteine export protein  61.79 
 
 
299 aa  344  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  0.155418 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1622  O-acetylserine/cysteine export protein  60.8 
 
 
299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00179242  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1741  O-acetylserine/cysteine export protein  60.8 
 
 
299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1631  O-acetylserine/cysteine export protein  60.8 
 
 
299 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0826395  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2147  O-acetylserine/cysteine export protein  61.13 
 
 
299 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.758199  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2125  O-acetylserine/cysteine export protein  60.67 
 
 
299 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.290399  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2113  protein of unknown function DUF6 transmembrane  60.67 
 
 
299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000340267  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01492  cysteine and O-acetyl-L-serine efflux system  60.33 
 
 
299 aa  335  5e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0660711  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01503  hypothetical protein  60.33 
 
 
299 aa  335  5e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0763437  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3898  protein of unknown function DUF6 transmembrane  64.63 
 
 
300 aa  331  1e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1622  O-acetylserine/cysteine export protein  64.45 
 
 
300 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1630  O-acetylserine/cysteine export protein  64.12 
 
 
299 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1689  O-acetylserine/cysteine export protein  64.12 
 
 
300 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1653  O-acetylserine/cysteine export protein  64.12 
 
 
299 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00898793  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1818  O-acetylserine/cysteine export protein  64.12 
 
 
300 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3261  hypothetical protein  59.2 
 
 
308 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.923223 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3459  protein of unknown function DUF6 transmembrane  59.52 
 
 
295 aa  308  6.999999999999999e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.171474  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3131  protein of unknown function DUF6 transmembrane  58.84 
 
 
295 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3217  protein of unknown function DUF6 transmembrane  58.08 
 
 
293 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.182093  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3425  hypothetical protein  55.78 
 
 
297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0518  hypothetical protein  57.48 
 
 
293 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3260  hypothetical protein  56.8 
 
 
297 aa  291  9e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105382  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0721  hypothetical protein  55.63 
 
 
294 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0361886  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2910  hypothetical protein  51.36 
 
 
294 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.743017  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2872  hypothetical protein  51.7 
 
 
326 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2817  hypothetical protein  51.7 
 
 
294 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.813656  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0908  putative transporter  54.08 
 
 
294 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0905  putative transporter  54.08 
 
 
294 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3173  hypothetical protein  55.78 
 
 
297 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.846514  normal  0.1324 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0745  DMT superfamily drug/metabolite efflux pump  55.67 
 
 
300 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0363  hypothetical protein  53.74 
 
 
294 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0112  putative transporter  53.74 
 
 
294 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0697635  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0663  putative transporter  53.74 
 
 
294 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2499  putative transporter  53.74 
 
 
294 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  52.04 
 
 
343 aa  269  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  52.04 
 
 
321 aa  265  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  52.03 
 
 
293 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  52.03 
 
 
292 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2376  hypothetical protein  51.7 
 
 
295 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0860299  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  52.04 
 
 
293 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2612  hypothetical protein  51.7 
 
 
322 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2483  hypothetical protein  51.7 
 
 
293 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0867101 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0169  hypothetical protein  47.96 
 
 
311 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4164  hypothetical protein  44.14 
 
 
298 aa  239  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.2 
 
 
306 aa  217  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0444  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.39 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2340  hypothetical protein  43.05 
 
 
303 aa  206  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1054  hypothetical protein  42.71 
 
 
306 aa  199  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.378299  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0972  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.71 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.032769  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0808  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.37 
 
 
324 aa  198  9e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1118  hypothetical protein  43.99 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.65286  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2380  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.14 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2401  hypothetical protein  36.2 
 
 
296 aa  192  6e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2545  hypothetical protein  36.2 
 
 
296 aa  192  7e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36480  DMT(drug/metabolite transporter) superfamily permease  42.55 
 
 
316 aa  191  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.171631  normal  0.909358 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33450  membrane protein  41.16 
 
 
314 aa  188  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.284433 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4262  hypothetical protein  40.2 
 
 
298 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.896317 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2061  hypothetical protein  41.64 
 
 
305 aa  186  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359774  normal  0.0842357 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1606  hypothetical protein  38.93 
 
 
298 aa  185  7e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.627423 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2539  hypothetical protein  41.89 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.662204  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0568  DMT superfamily drug/metabolite efflux pump  38.46 
 
 
311 aa  183  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0349448  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0661  hypothetical protein  42.14 
 
 
365 aa  180  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0354  hypothetical protein  36.15 
 
 
307 aa  178  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5882  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.54 
 
 
299 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2552  hypothetical protein  37.2 
 
 
293 aa  170  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1080  hypothetical protein  39.53 
 
 
300 aa  169  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0075  hypothetical protein  34.21 
 
 
294 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0925  hypothetical protein  33.44 
 
 
304 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.986628  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4702  hypothetical protein  38.95 
 
 
313 aa  162  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6025  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.83 
 
 
319 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32908  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2647  hypothetical protein  32.45 
 
 
298 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1125  hypothetical protein  37.05 
 
 
310 aa  155  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3391  membrane protein  34.55 
 
 
300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1085  DMT superfamliy efflux pump  33.33 
 
 
312 aa  150  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.164203 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0911  hypothetical protein  33.22 
 
 
303 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1376  hypothetical protein  30.99 
 
 
318 aa  143  3e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0304  hypothetical protein  33.33 
 
 
273 aa  142  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.589486  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2245  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.33 
 
 
300 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.108386  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3679  putative integral membrane protein  34.89 
 
 
301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.998633  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63190  hypothetical protein  39.02 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2674  hypothetical protein  35.33 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3342  hypothetical protein  30.33 
 
 
291 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5501  hypothetical protein  38.89 
 
 
297 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3249  hypothetical protein  27.95 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.538989  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0532  hypothetical protein  31.58 
 
 
303 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2409  hypothetical protein  28.57 
 
 
288 aa  86.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.517139  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2089  hypothetical protein  27.86 
 
 
304 aa  83.6  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.920786  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.63 
 
 
367 aa  79.3  0.00000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.307574  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3681  hypothetical protein  24.66 
 
 
297 aa  77.8  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.60204  normal  0.770543 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  28.82 
 
 
307 aa  72.8  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2840  hypothetical protein  28.71 
 
 
303 aa  72  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.269386  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3057  transporter, EamA family  27.74 
 
 
303 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3092  EamA family protein  29.59 
 
 
303 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00288744  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2189  transporter, EamA family  29.59 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000931242 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2848  EamA family protein  29.59 
 
 
303 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3061  eama family protein  29.59 
 
 
303 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2821  drug/metabolite exporter family protein  29.25 
 
 
303 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1505  hypothetical protein  26.8 
 
 
305 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3090  transporter, EamA family  29.25 
 
 
303 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0880872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>