More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2584 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  100 
 
 		 331 aa  666    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  59.62 
 
 		 318 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  54.72 
 
 		 325 aa  323  2e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  50.94 
 
 		 324 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  50.94 
 
 		 324 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  51.88 
 
 		 324 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  45.02 
 
 		 326 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.84 
 
 		 329 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  41.36 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  47.73 
 
 		 320 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  41.36 
 
 		 332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.36 
 
 		 332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  43.25 
 
 		 347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  45.82 
 
 		 329 aa  215  8e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.26 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.08 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.2 
 
 		 519 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  41.93 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.19 
 
 		 331 aa  203  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.86 
 
 		 328 aa  202  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  42.42 
 
 		 341 aa  202  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  40 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  37.54 
 
 		 331 aa  199  7e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.59 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  40.25 
 
 		 333 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.99 
 
 		 340 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  41.95 
 
 		 346 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.36 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  37.7 
 
 		 330 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  37.42 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.72 
 
 		 340 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.45 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  40.07 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  46.89 
 
 		 329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  37.9 
 
 		 330 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  39.14 
 
 		 336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.3 
 
 		 344 aa  182  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.24 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.11 
 
 		 353 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  37.46 
 
 		 353 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  39.33 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  40.38 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  39.33 
 
 		 331 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  38.48 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.96 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  36.62 
 
 		 329 aa  176  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.65 
 
 		 356 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.81 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  38.65 
 
 		 348 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.11 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  37.7 
 
 		 330 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.53 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.6 
 
 		 350 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  40.8 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  34.63 
 
 		 354 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  37.06 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  35.67 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  35.96 
 
 		 334 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  36.09 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  33.64 
 
 		 348 aa  159  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  36.97 
 
 		 334 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  41.64 
 
 		 344 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  36.25 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  33.96 
 
 		 350 aa  155  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.65 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  35.95 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.54 
 
 		 339 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.13 
 
 		 350 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  31.59 
 
 		 372 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.02 
 
 		 350 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.72 
 
 		 350 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.72 
 
 		 350 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.72 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.72 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  30.28 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.43 
 
 		 350 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0043  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.82 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.7 
 
 		 362 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  29.3 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3089  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.64 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00022777  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0869  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30 
 
 		 358 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.85 
 
 		 399 aa  107  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3603  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  26.53 
 
 		 370 aa  103  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3448  cobyric acid synthase CobQ  27.95 
 
 		 852 aa  102  8e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1104  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  32.21 
 
 		 375 aa  102  9e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.08 
 
 		 379 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  30.97 
 
 		 361 aa  96.7  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0484  cobyric acid synthase  28.98 
 
 		 864 aa  93.2  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1493  histidinol-phosphate aminotransferase  28.75 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1737  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  26.22 
 
 		 362 aa  90.5  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0451969 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.84 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17740  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.62 
 
 		 807 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.27949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2936  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  28.83 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0940  aminotransferase, class I and II  27.31 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.240572  normal  0.979791 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3160  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  28.47 
 
 		 352 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0852475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1849  histidinol-phosphate transaminase  27.87 
 
 		 346 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1109  threonine-phosphate decarboxylase  29.41 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0182392  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>