More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1878 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1878  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 		 397 aa  780    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.998766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0717  multidrug resistance protein  57 
 
 		 408 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.29522  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_3375  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  57 
 
 		 405 aa  428  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2307  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  57.47 
 
 		 406 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0859  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  56.82 
 
 		 406 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.194721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2187  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  56.2 
 
 		 406 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1560  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  50 
 
 		 401 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4471  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  52.79 
 
 		 402 aa  323  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40.36 
 
 		 402 aa  275  9e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5788  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.71 
 
 		 403 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4516  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.44 
 
 		 428 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.44 
 
 		 403 aa  255  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.483442  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1926  major facilitator transporter  40.5 
 
 		 396 aa  254  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.19 
 
 		 418 aa  252  7e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.446153 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4409  major facilitator transporter  40.11 
 
 		 403 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.238522 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4139  major facilitator transporter  41.36 
 
 		 423 aa  247  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.956348  normal  0.0272959 
 
 
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NC_008391  Bamb_3946  major facilitator transporter  40.11 
 
 		 428 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.38 
 
 		 429 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175256  normal  0.467375 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3380  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.36 
 
 		 444 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.27624  decreased coverage  0.00175601 
 
 
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NC_009485  BBta_6161  Bcr/CflA family drug resistance transporter  34.29 
 
 		 422 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245445  normal  0.0414342 
 
 
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NC_007925  RPC_3292  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.91 
 
 		 430 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.330767  normal  1 
 
 
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NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  31.58 
 
 		 409 aa  167  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.2 
 
 		 391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_4034  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.51 
 
 		 428 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183286  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  32.16 
 
 		 420 aa  160  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.57 
 
 		 405 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.47 
 
 		 420 aa  157  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.5 
 
 		 401 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.05 
 
 		 399 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.46 
 
 		 399 aa  146  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.99 
 
 		 392 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_4226  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.19 
 
 		 465 aa  146  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693691  normal  1 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_2482  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.8 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.245428  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  29.82 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.41 
 
 		 404 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.06 
 
 		 396 aa  142  9e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.9 
 
 		 394 aa  142  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
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NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  30.9 
 
 		 409 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.77 
 
 		 393 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_3135  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.87 
 
 		 415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.95279 
 
 
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NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.53 
 
 		 407 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1775  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.95 
 
 		 403 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394194  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  31.31 
 
 		 426 aa  140  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
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NC_012791  Vapar_0871  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.84 
 
 		 404 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.35 
 
 		 396 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.35 
 
 		 401 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  30.66 
 
 		 426 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_0383  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.92 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0372929 
 
 
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NC_007204  Psyc_0349  major facilitator superfamily multi-drug efflux pump  27.64 
 
 		 419 aa  136  5e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_3518  MFS permease  31.58 
 
 		 401 aa  136  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.23 
 
 		 398 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
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NC_007650  BTH_II1915  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.12 
 
 		 411 aa  135  9e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.26 
 
 		 398 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.49 
 
 		 411 aa  135  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.13 
 
 		 405 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.53 
 
 		 458 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.79 
 
 		 405 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.04 
 
 		 412 aa  133  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.79 
 
 		 405 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.53 
 
 		 405 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.78 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
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NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.34 
 
 		 402 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.28 
 
 		 396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.25 
 
 		 412 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.61 
 
 		 414 aa  129  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  27.59 
 
 		 404 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.84 
 
 		 401 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4936  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.87 
 
 		 409 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.380942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.32 
 
 		 405 aa  129  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.31 
 
 		 399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.86 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3588  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  26.65 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.226455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  28.85 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.93 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1867  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.04 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.960562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  30.73 
 
 		 414 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3668  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.32 
 
 		 411 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.88 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3211  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.51 
 
 		 424 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6000  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.3 
 
 		 399 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923433  normal  0.331381 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2033  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.33 
 
 		 403 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.33 
 
 		 403 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1058  Bcr/CflA family drug resistance transporter  30.33 
 
 		 403 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1774  Bcr/CflA family drug resistance transporter  30.33 
 
 		 395 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  30.06 
 
 		 402 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008254  Meso_3944  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.53 
 
 		 401 aa  126  8.000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007435  BURPS1710b_A2059  putative transporter protein  29.55 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.233611  n/a   
 
 
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NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.53 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0318  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.63 
 
 		 402 aa  124  2e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_2399  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.8 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.35739 
 
 
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NC_010524  Lcho_4173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.63 
 
 		 400 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0683  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.55 
 
 		 403 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8441  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3365  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.86 
 
 		 436 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.139638  normal  1 
 
 
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NC_012560  Avin_10090  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  31.67 
 
 		 392 aa  124  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0442276  n/a   
 
 
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