More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0956 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 		 402 aa  784    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0717  multidrug resistance protein  43.07 
 
 		 408 aa  319  7e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.29522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1926  major facilitator transporter  48.77 
 
 		 396 aa  318  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1560  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  43.38 
 
 		 401 aa  311  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3375  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  44.99 
 
 		 405 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  46.77 
 
 		 403 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.483442  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4516  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  46.77 
 
 		 428 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5788  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  47.03 
 
 		 403 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4409  major facilitator transporter  47.27 
 
 		 403 aa  301  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.238522 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3946  major facilitator transporter  45.99 
 
 		 428 aa  302  9e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  46.29 
 
 		 418 aa  299  6e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.446153 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4139  major facilitator transporter  47.46 
 
 		 423 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.956348  normal  0.0272959 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2307  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  45.81 
 
 		 406 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2187  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  44.79 
 
 		 406 aa  276  6e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0859  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  44.79 
 
 		 406 aa  275  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.194721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1878  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40.36 
 
 		 397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.998766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4471  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.98 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.43 
 
 		 405 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.51 
 
 		 458 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.95 
 
 		 405 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.95 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
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NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  31.36 
 
 		 420 aa  156  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.33 
 
 		 434 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.87 
 
 		 405 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.55 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.74 
 
 		 405 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_2009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.72 
 
 		 429 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175256  normal  0.467375 
 
 
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NC_007925  RPC_3292  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.24 
 
 		 430 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.330767  normal  1 
 
 
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NC_009717  Xaut_4936  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.2 
 
 		 409 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.380942  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.35 
 
 		 402 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.303475 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.8 
 
 		 392 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  32.27 
 
 		 426 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  32.88 
 
 		 414 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_6161  Bcr/CflA family drug resistance transporter  33.61 
 
 		 422 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245445  normal  0.0414342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1458  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.99 
 
 		 399 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00531988  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.81 
 
 		 420 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.67 
 
 		 399 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  31.88 
 
 		 402 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4034  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.42 
 
 		 428 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183286  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.64 
 
 		 401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
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NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.23 
 
 		 411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.83 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.15 
 
 		 401 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011366  Rleg2_6000  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.08 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923433  normal  0.331381 
 
 
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NC_013456  VEA_003780  permease  31.41 
 
 		 400 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  32.51 
 
 		 426 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
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NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.03 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
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NC_007333  Tfu_1728  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.2 
 
 		 440 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3380  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.98 
 
 		 444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.27624  decreased coverage  0.00175601 
 
 
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NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.3 
 
 		 400 aa  134  3e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
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NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  29.15 
 
 		 404 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.11 
 
 		 396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.37 
 
 		 399 aa  133  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.96 
 
 		 399 aa  132  7.999999999999999e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal  1 
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.2 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.2 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.2 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
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NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.2 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.2 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.2 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.95 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.73 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.84 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
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NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.72 
 
 		 400 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.3 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  32.82 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  30 
 
 		 401 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.93 
 
 		 393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.98 
 
 		 404 aa  130  6e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
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NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26 
 
 		 403 aa  129  7.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.05 
 
 		 400 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.69 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.54 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.32 
 
 		 409 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  32.56 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  28 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0202  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.93 
 
 		 416 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.46 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3647  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.04 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.289957 
 
 
-
 
NC_002978  WD0248  drug resistance transporter  27.89 
 
 		 387 aa  126  5e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0183  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.93 
 
 		 416 aa  127  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000244367  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0170  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.93 
 
 		 419 aa  127  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000813415  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.93 
 
 		 416 aa  127  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181141  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0181  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.93 
 
 		 416 aa  127  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0511  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.33 
 
 		 409 aa  126  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0138311 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5119  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.51 
 
 		 416 aa  126  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  29.21 
 
 		 409 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0527  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.63 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.66 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
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NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  27.12 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_0202  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.58 
 
 		 419 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_1841  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.69 
 
 		 418 aa  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A0206  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.58 
 
 		 416 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.993392  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_0167  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.51 
 
 		 398 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_3096  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.98 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0673947  normal  1 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A0226  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.58 
 
 		 416 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_25390  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.03 
 
 		 414 aa  124  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.721605  normal  0.383381 
 
 
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NC_008781  Pnap_0269  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.46 
 
 		 408 aa  124  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_2482  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.54 
 
 		 405 aa  124  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.245428  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_3614  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.2 
 
 		 407 aa  123  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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