More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0140 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1051  DEAD/DEAH box helicase-like protein  72.79 
 
 
458 aa  648    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0480198  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0140  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
448 aa  901    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.398154  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1292  DEAD/DEAH box helicase-like  70.35 
 
 
464 aa  586  1e-166  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.16 
 
 
504 aa  488  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3984  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.98 
 
 
519 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.950119 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4353  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.76 
 
 
519 aa  472  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.807247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4464  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.22 
 
 
501 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2833  DEAD/DEAH box helicase-like  57.72 
 
 
503 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.900807  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4759  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.2 
 
 
537 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2985  DEAD/DEAH box helicase  55.41 
 
 
516 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0305282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2463  DEAD/DEAH box helicase-like  62.99 
 
 
500 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0999  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.64 
 
 
527 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.431733  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2755  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.7 
 
 
472 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0813357  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1913  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.15 
 
 
505 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.857916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3323  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.14 
 
 
465 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.469232  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.62 
 
 
521 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308058  decreased coverage  0.00839171 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4333  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.07 
 
 
482 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.341636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3974  putative ATP-dependent RNA helicase  59.41 
 
 
478 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.522913  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1478  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.48 
 
 
499 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0142934  hitchhiker  0.00960181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.06 
 
 
484 aa  455  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1657  DEAD/DEAH box helicase  62.77 
 
 
483 aa  455  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0121598  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0856  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.34 
 
 
503 aa  457  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0104833  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2321  DEAD/DEAH box helicase-like  58.24 
 
 
487 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2431  ATP-dependent RNA helicase  60.15 
 
 
516 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1773  DEAD/DEAH box helicase-like  62.6 
 
 
477 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2249  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.99 
 
 
498 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2718  DEAD/DEAH box helicase  56.15 
 
 
799 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.370248  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1324  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.69 
 
 
498 aa  446  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.695587  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.93 
 
 
494 aa  443  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000813647 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3319  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.92 
 
 
555 aa  442  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.131298 
 
 
-
 
NC_004310  BR0938  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  60.6 
 
 
482 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.556655  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0933  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  60.6 
 
 
482 aa  437  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2536  ATP-dependent helicase, DEAD-box  55.47 
 
 
518 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.314913  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.47 
 
 
516 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.97 
 
 
678 aa  425  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1333  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.37 
 
 
493 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.218178  normal  0.0904092 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.2 
 
 
507 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.173393  normal  0.464072 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1200  DEAD/DEAH box helicase-like  57.33 
 
 
644 aa  425  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.994083  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.07 
 
 
462 aa  423  1e-117  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.166251  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1809  DEAD/DEAH box helicase-like  54.5 
 
 
493 aa  412  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.4 
 
 
489 aa  358  7e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.17 
 
 
504 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  45.41 
 
 
557 aa  355  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.72 
 
 
628 aa  354  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.57 
 
 
627 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  47.46 
 
 
622 aa  353  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.32 
 
 
626 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  46.17 
 
 
629 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.48 
 
 
626 aa  352  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.08 
 
 
630 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.17 
 
 
629 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.74 
 
 
456 aa  351  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.59 
 
 
487 aa  350  3e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  45.54 
 
 
398 aa  350  4e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  45.99 
 
 
635 aa  349  7e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.07 
 
 
454 aa  348  1e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  49.07 
 
 
454 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.07 
 
 
454 aa  347  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.1 
 
 
511 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.07 
 
 
455 aa  347  2e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.07 
 
 
454 aa  348  2e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  49.07 
 
 
454 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  51.65 
 
 
527 aa  348  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.07 
 
 
454 aa  347  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.37 
 
 
509 aa  348  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.36 
 
 
497 aa  348  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  44.22 
 
 
639 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  46.47 
 
 
510 aa  347  3e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.29 
 
 
513 aa  347  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.44 
 
 
540 aa  347  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45 
 
 
452 aa  347  3e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.12 
 
 
484 aa  347  4e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.11 
 
 
463 aa  347  4e-94  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.36 
 
 
491 aa  347  4e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.8 
 
 
454 aa  345  6e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.89 
 
 
484 aa  345  7e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.8 
 
 
454 aa  345  8e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.37 
 
 
520 aa  345  8e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  51.37 
 
 
520 aa  345  8e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.37 
 
 
520 aa  345  8e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.15 
 
 
494 aa  345  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.38 
 
 
462 aa  344  2e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.03 
 
 
526 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.03 
 
 
525 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.13 
 
 
453 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.13 
 
 
453 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.13 
 
 
453 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.13 
 
 
453 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.03 
 
 
515 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.13 
 
 
453 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0631  putative ATP-dependent RNA helicase 2  49.18 
 
 
494 aa  343  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.640854  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.85 
 
 
463 aa  343  4e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.03 
 
 
525 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.33 
 
 
489 aa  343  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.8 
 
 
485 aa  343  5e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.98 
 
 
537 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  47.42 
 
 
476 aa  342  5.999999999999999e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.18 
 
 
486 aa  342  5.999999999999999e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0203924  hitchhiker  0.000949009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  49.05 
 
 
492 aa  342  7e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  46.01 
 
 
540 aa  342  8e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>