More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_07130 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_07130  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II  100 
 
 
290 aa  567  1e-160  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396184  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.93 
 
 
291 aa  369  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174626  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.95 
 
 
306 aa  350  2e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.817792  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.5 
 
 
295 aa  348  6e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.22 
 
 
301 aa  315  7e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.66 
 
 
307 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0707466  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.66 
 
 
307 aa  310  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.142547 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
307 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  0.336927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
307 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
307 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.79 
 
 
307 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.37571  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.74 
 
 
280 aa  308  5e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4848  ABC transporter, inner membrane subunit  55.75 
 
 
310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.432693  hitchhiker  0.000811543 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.95 
 
 
312 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.85 
 
 
280 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0757  ABC transporter, permease protein  60.31 
 
 
280 aa  291  1e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.931203  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0807  ABC transporter, permease protein  59.92 
 
 
280 aa  288  5.0000000000000004e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5508  ABC transporter membrane spanning protein  61.22 
 
 
280 aa  285  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.43 
 
 
270 aa  253  3e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
268 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
268 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
269 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.94 
 
 
263 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.11 
 
 
269 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
269 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.11 
 
 
312 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.86 
 
 
283 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.78 
 
 
272 aa  101  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  31.87 
 
 
264 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
264 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
268 aa  97.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
268 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  27.95 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
588 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  27.18 
 
 
271 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0327  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.32 
 
 
273 aa  95.1  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0249986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  29.06 
 
 
293 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.07 
 
 
276 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.27 
 
 
271 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
266 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.95 
 
 
280 aa  92  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2178  ABC transporter membrane spanning protein  30 
 
 
288 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  26.47 
 
 
265 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
300 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  30.77 
 
 
266 aa  90.9  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
270 aa  90.1  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124345  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
277 aa  89.7  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
255 aa  89.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  28.51 
 
 
287 aa  89.4  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.18 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.41 
 
 
262 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.32 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
298 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
267 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.53 
 
 
275 aa  88.2  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2058  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.79 
 
 
278 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.650732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3445  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.71 
 
 
223 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.09 
 
 
284 aa  87  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
287 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2450  putative spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.79 
 
 
278 aa  87  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
278 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.260813  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3698  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.43 
 
 
226 aa  87  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  25.32 
 
 
265 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
294 aa  86.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.06 
 
 
288 aa  86.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
292 aa  86.3  5e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0409709  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
298 aa  85.9  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1555  molybdenum ABC transporter, permease protein  29.46 
 
 
241 aa  86.3  6e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
298 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
266 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  25.97 
 
 
281 aa  85.9  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0385  NifC-like ABC-type porter  28.4 
 
 
266 aa  85.9  7e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.37 
 
 
284 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3668  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  29.77 
 
 
225 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 
261 aa  85.1  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
298 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4505  molybdate ABC transporter permease  29.77 
 
 
225 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0787443  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3859  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  29.77 
 
 
225 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681466  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 
317 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 
317 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.31 
 
 
273 aa  84  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.84 
 
 
302 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  28.4 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  29.66 
 
 
347 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 
362 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  29.66 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  27.92 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 
362 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.89 
 
 
279 aa  84.7  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.24 
 
 
262 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 
362 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1289  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  32.94 
 
 
288 aa  84  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
265 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>