More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0403 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 132 aa  269  8.000000000000001e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  61.07 
 
 		 136 aa  172  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1333  transcription antitermination protein NusB  56.15 
 
 		 131 aa  147  5e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0431  transcription antitermination protein NusB  54.55 
 
 		 132 aa  146  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.232136  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0405  transcription antitermination protein NusB  54.55 
 
 		 132 aa  145  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1576  transcription antitermination protein NusB  53.79 
 
 		 132 aa  144  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0784  transcription antitermination protein NusB  54.2 
 
 		 131 aa  139  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0030  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 131 aa  135  2e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1180  transcription antitermination protein NusB  51.16 
 
 		 131 aa  127  4.0000000000000003e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0541  transcription antitermination protein NusB  48.09 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  35.38 
 
 		 155 aa  94.7  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06300  NusB antitermination factor  42.06 
 
 		 134 aa  93.2  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000202636  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  36.84 
 
 		 141 aa  89.7  1e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  35.61 
 
 		 143 aa  89.7  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 141 aa  88.6  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  34.56 
 
 		 142 aa  87.8  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 142 aa  87.8  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  41.73 
 
 		 166 aa  87.4  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  37.21 
 
 		 145 aa  87  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  35.61 
 
 		 154 aa  86.3  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 134 aa  86.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  36.36 
 
 		 138 aa  85.9  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  37.86 
 
 		 150 aa  85.5  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  37.69 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  38.28 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  35.17 
 
 		 156 aa  85.1  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  36.76 
 
 		 147 aa  85.1  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  38.28 
 
 		 134 aa  85.1  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  35.34 
 
 		 137 aa  84.7  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1471  NusB antitermination factor  35.66 
 
 		 133 aa  84  6e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  37.4 
 
 		 135 aa  84  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 134 aa  83.6  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  33.85 
 
 		 140 aa  83.6  8e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  34.92 
 
 		 138 aa  83.6  8e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 134 aa  83.6  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 165 aa  83.6  9e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  33.58 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  36.51 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  36.51 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  36.51 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  34.85 
 
 		 136 aa  81.6  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.975567 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  34.35 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  32.33 
 
 		 146 aa  81.3  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 163 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  32.35 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  36.92 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  36.92 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  35.16 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  34.13 
 
 		 156 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  34.62 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  35.59 
 
 		 164 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  34.11 
 
 		 162 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  34.11 
 
 		 162 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  34.11 
 
 		 162 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  46.51 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  30.53 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  30.37 
 
 		 154 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  33.59 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  36.43 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  36.43 
 
 		 143 aa  77  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  32.12 
 
 		 140 aa  76.6  0.00000000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  32.59 
 
 		 144 aa  76.6  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  34.65 
 
 		 153 aa  77  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  35.66 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  35.51 
 
 		 168 aa  76.3  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  32.81 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  31.88 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0477  NusB antitermination factor  34.33 
 
 		 147 aa  75.5  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.144816  hitchhiker  0.000124521 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  34.59 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0301  transcription antitermination factor NusB  34.33 
 
 		 147 aa  75.5  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  37.88 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  34.59 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  34.59 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  36.3 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  31.88 
 
 		 145 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  44.71 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  32.31 
 
 		 143 aa  74.7  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  34.85 
 
 		 164 aa  75.1  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  28.57 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  31.11 
 
 		 138 aa  73.9  0.0000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  37.88 
 
 		 163 aa  73.9  0.0000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  31.88 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  34.65 
 
 		 153 aa  73.6  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>