More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3216 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3216  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 400 aa  825    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1800  tryptophan synthase subunit beta  78.84 
 
 		 402 aa  650    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.755305  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3688  tryptophan synthase subunit beta  78.54 
 
 		 400 aa  651    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00755497  normal  0.13811 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2001  tryptophan synthase subunit beta  78.88 
 
 		 393 aa  643    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.642175  normal  0.209824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1954  tryptophan synthase subunit beta  65 
 
 		 400 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1460  tryptophan synthase subunit beta  65.05 
 
 		 406 aa  535  1e-151  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184995  normal  0.0669492 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_52286  tryptophan synthase, beta chain  65.31 
 
 		 385 aa  531  1e-150  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1244  tryptophan synthase subunit beta  67.09 
 
 		 406 aa  530  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0198  tryptophan synthase subunit beta  63.52 
 
 		 408 aa  528  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001499  tryptophan synthase beta chain like protein  66.84 
 
 		 407 aa  510  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845201  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0742  tryptophan synthase subunit beta  61.21 
 
 		 403 aa  501  1e-141  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.782615  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1687  tryptophan synthase, beta subunit  61.28 
 
 		 403 aa  499  1e-140  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1700  tryptophan synthase subunit beta  62.15 
 
 		 407 aa  494  9.999999999999999e-139  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.605674  hitchhiker  0.0000000413571 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1989  tryptophan synthase subunit beta  59.95 
 
 		 400 aa  492  9.999999999999999e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0603681  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  60.1 
 
 		 409 aa  493  9.999999999999999e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1358  tryptophan synthase, beta subunit  61.54 
 
 		 399 aa  481  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.33574 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  57.62 
 
 		 391 aa  474  1e-132  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0551  tryptophan synthase subunit beta  60.36 
 
 		 412 aa  469  1.0000000000000001e-131  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2965  tryptophan synthase subunit beta  58.31 
 
 		 401 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.204496  normal  0.0390999 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  56.12 
 
 		 397 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1513  tryptophan synthase subunit beta  58.31 
 
 		 401 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0165  tryptophan synthase subunit beta  58.31 
 
 		 401 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522079  normal  0.230942 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  55.05 
 
 		 405 aa  462  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3066  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 420 aa  462  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.910366  normal  0.238699 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4373  tryptophan synthase subunit beta  55.75 
 
 		 399 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  57.11 
 
 		 399 aa  459  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  57.11 
 
 		 399 aa  459  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  54.64 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  55.61 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  55.36 
 
 		 401 aa  461  9.999999999999999e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3050  tryptophan synthase subunit beta  56.78 
 
 		 420 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.35063  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3109  tryptophan synthase subunit beta  56.78 
 
 		 420 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.284372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  54.08 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  53 
 
 		 402 aa  457  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  56.59 
 
 		 398 aa  456  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0798  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 400 aa  456  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0083  tryptophan synthase subunit beta  52.76 
 
 		 405 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017562 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  52.51 
 
 		 405 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  53.27 
 
 		 409 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  54.08 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  54.85 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1157  tryptophan synthase subunit beta  56.89 
 
 		 395 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0098  tryptophan synthase subunit beta  52.76 
 
 		 405 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  54.34 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  52.88 
 
 		 403 aa  451  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  54.08 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  55.13 
 
 		 405 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0098  tryptophan synthase subunit beta  52.76 
 
 		 405 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000284084 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  54.34 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  54.55 
 
 		 402 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1549  tryptophan synthase subunit beta  55.27 
 
 		 401 aa  453  1.0000000000000001e-126  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3599  tryptophan synthase subunit beta  54.99 
 
 		 420 aa  451  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.213092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0583  tryptophan synthase subunit beta  55.27 
 
 		 403 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000031212  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2817  tryptophan synthase subunit beta  55.5 
 
 		 420 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.046962  normal  0.771537 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  56.27 
 
 		 396 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  54.81 
 
 		 402 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1487  tryptophan synthase subunit beta  53.75 
 
 		 399 aa  448  1e-125  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  54.85 
 
 		 405 aa  449  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11628  tryptophan synthase subunit beta  54.57 
 
 		 410 aa  449  1e-125  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.246172 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3216  tryptophan synthase, beta subunit  53.57 
 
 		 449 aa  449  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11310  tryptophan synthase subunit beta  55.5 
 
 		 398 aa  449  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000215917  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1337  tryptophan synthase subunit beta  56.15 
 
 		 401 aa  449  1e-125  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130625  normal  0.877655 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  53.83 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  53.44 
 
 		 411 aa  450  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  53.83 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1277  tryptophan synthase subunit beta  53.75 
 
 		 399 aa  448  1e-125  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1176  tryptophan synthase subunit beta  54.5 
 
 		 395 aa  449  1e-125  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.833361  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  53.83 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0961  tryptophan synthase subunit beta  54.66 
 
 		 402 aa  450  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  53.88 
 
 		 418 aa  450  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1412  tryptophan synthase subunit beta  56.04 
 
 		 394 aa  450  1e-125  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00140909  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  53.05 
 
 		 406 aa  447  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  54.22 
 
 		 404 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0253  tryptophan synthase subunit beta  54.1 
 
 		 396 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.208201  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1911  tryptophan synthase subunit beta  54.41 
 
 		 413 aa  444  1.0000000000000001e-124  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.124597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  53.77 
 
 		 410 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1297  tryptophan synthase subunit beta  55.47 
 
 		 399 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.311384  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  55.75 
 
 		 396 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.7410900000000002e-34 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  54.34 
 
 		 403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1257  tryptophan synthase beta chain  53.23 
 
 		 399 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  54.59 
 
 		 399 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  53.44 
 
 		 400 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  53.57 
 
 		 397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  54.36 
 
 		 397 aa  445  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2237  tryptophan synthase subunit beta  56.43 
 
 		 440 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  56.27 
 
 		 410 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  53.06 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  54.34 
 
 		 397 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  52.41 
 
 		 410 aa  447  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1549  tryptophan synthase subunit beta  54.1 
 
 		 402 aa  446  1.0000000000000001e-124  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  54.36 
 
 		 412 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2876  tryptophan synthase subunit beta  54.97 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  54.59 
 
 		 399 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>