More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2101 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2101  hypothetical protein  100 
 
 		 303 aa  629  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1727  putative transcriptional activator  60.88 
 
 		 298 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000889422 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3770  hypothetical protein  27.52 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  27.84 
 
 		 318 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  31.63 
 
 		 291 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  25.86 
 
 		 305 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.62 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  28.72 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 298 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 337 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 313 aa  125  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 296 aa  126  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 313 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 315 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  25.34 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  29.69 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  29.35 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4032  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.124672  normal  0.592232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>