More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0276 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0276  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 287 aa  596  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160059  hitchhiker  0.0000019997 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  83.75 
 
 		 295 aa  508  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  82.75 
 
 		 291 aa  497  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0258  LysR family transcriptional regulator  83.39 
 
 		 289 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  83.39 
 
 		 288 aa  487  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0258  LysR family transcriptional regulator  81.63 
 
 		 288 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.489347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2226  LysR family transcriptional regulator  80.07 
 
 		 294 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0492432  normal  0.299524 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3532  LysR family transcriptional regulator  80.57 
 
 		 288 aa  477  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2149  LysR family transcriptional regulator  79.72 
 
 		 294 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269804  normal  0.274984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 284 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  31.18 
 
 		 287 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 283 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 290 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 280 aa  132  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 322 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  29.25 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  30.22 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4127  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 279 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 283 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47880  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 288 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000178644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.86 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 282 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 316 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  29.34 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  28.86 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 288 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  26.64 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 289 aa  112  5e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 291 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 283 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 285 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>