More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3948 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3948  beta-lactamase domain-containing protein  100 
 
 		 352 aa  712    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0471  beta-lactamase domain protein  52.82 
 
 		 346 aa  349  5e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1782  beta-lactamase domain-containing protein  48.06 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.378951 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1247  beta-lactamase domain-containing protein  39.28 
 
 		 364 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.352248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2589  hypothetical protein  39.06 
 
 		 364 aa  248  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1934  beta-lactamase domain-containing protein  40.95 
 
 		 347 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5976  beta-lactamase domain protein  46.64 
 
 		 315 aa  242  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3399  hypothetical protein  44.74 
 
 		 327 aa  239  5e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0521141 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2305  beta-lactamase-like protein  41.5 
 
 		 314 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0142167 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5751  beta-lactamase domain-containing protein  45.16 
 
 		 321 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0502881 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0298  metallo-beta-lactamase family protein  40.91 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0185877  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2363  beta-lactamase domain-containing protein  39.5 
 
 		 351 aa  226  5.0000000000000005e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5952  putative metallo-beta-lactamase family protein  43.11 
 
 		 308 aa  219  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1735  beta-lactamase domain protein  40.78 
 
 		 310 aa  215  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.593356  normal  0.313323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0244  beta-lactamase domain protein  37.3 
 
 		 315 aa  210  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0816903 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1776  beta-lactamase domain-containing protein  38.64 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1965  beta-lactamase domain-containing protein  37.46 
 
 		 320 aa  202  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2112  beta-lactamase domain protein  37.99 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2189  hypothetical protein  32.04 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.887609  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0505  beta-lactamase domain protein  28.33 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3115  hypothetical protein  32.41 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0080  beta-lactamase domain protein  32.42 
 
 		 319 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3770  beta-lactamase domain-containing protein  30.98 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2819  beta-lactamase domain protein  36.57 
 
 		 342 aa  116  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2427  beta lactamase precursor  30.14 
 
 		 287 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.662224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1656  Rhodanese domain protein  25.89 
 
 		 438 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2278  Beta-lactamase-like  33.22 
 
 		 318 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0150  beta-lactamase domain-containing protein  29.17 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1673  beta-lactamase domain protein  33.22 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0543  beta-lactamase domain protein  29.78 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0255834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1597  beta-lactamase domain protein  33.22 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.789295  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2733  beta-lactamase domain-containing protein  32.17 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1231  beta-lactamase domain protein  29.04 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0606732 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2858  beta-lactamase domain protein  27.78 
 
 		 337 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1961  beta-lactamase domain-containing protein  34.12 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.141309  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2056  Beta-lactamase-like  27.62 
 
 		 340 aa  106  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000527783  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2678  beta-lactamase domain protein  33.47 
 
 		 307 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3125  beta-lactamase domain-containing protein  32.67 
 
 		 313 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265077  normal  0.697397 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1512  Beta-lactamase-like  28.29 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000011498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3085  beta-lactamase domain-containing protein  32.94 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0472  hydrolase, putative  28.72 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1026  Beta-lactamase-like  29.8 
 
 		 312 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0809  beta-lactamase domain-containing protein  26.43 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.951581  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3516  beta-lactamase domain-containing protein  30.09 
 
 		 299 aa  96.3  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0323096  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0095  beta-lactamase domain-containing protein  26.83 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3167  beta-lactamase domain protein  29.95 
 
 		 302 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1041  beta lactamase precursor  26.69 
 
 		 318 aa  92.8  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215964  normal  0.327704 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10957  bifunctional 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate isomerase/cyclase/dehydrase  29.41 
 
 		 644 aa  92  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.761321 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2257  metallo-beta-lactamase family protein  26.75 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0582  beta-lactamase domain protein  27.92 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2106  beta-lactamase domain protein  27.8 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.105061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1030  beta-lactamase domain protein  27.39 
 
 		 312 aa  90.9  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.932178  normal  0.324338 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2500  beta-lactamase domain protein  27.8 
 
 		 315 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.397877 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2083  Beta-lactamase-like  24.92 
 
 		 323 aa  90.1  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0734  beta-lactamase domain-containing protein  26.62 
 
 		 343 aa  89.7  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  0.0589281 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1621  Beta-lactamase-like  26.13 
 
 		 334 aa  89  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.683443  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0555  beta-lactamase domain protein  26.03 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000575755  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6284  beta-lactamase domain-containing protein  27.65 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0941559  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9074  2-keto-4-pentenoate hydratase/2-oxohepta-3-ene-1 7-dioic acid hydratase (catechol pathway)-like protein  30.92 
 
 		 637 aa  86.7  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5107  beta-lactamase domain protein  26.82 
 
 		 321 aa  86.7  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.065858  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3350  metallo-beta-lactamase family protein  28.51 
 
 		 342 aa  86.3  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4154  beta-lactamase domain-containing protein  30.71 
 
 		 317 aa  86.3  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4551  beta-lactamase domain-containing protein  28.52 
 
 		 332 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0725  beta-lactamase domain-containing protein  27.85 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0290049 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4537  beta-lactamase domain protein  28.08 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.630097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2501  beta-lactamase domain protein  27.92 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.541242 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2107  beta-lactamase domain protein  27.92 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4160  SoxH protein-like  26.78 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671969  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1103  putative hydrolase  23.31 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197828  normal  0.352936 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3492  beta-lactamase domain-containing protein  28.12 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.520693  normal  0.202601 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2623  beta-lactamase-like  24.48 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.533019 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4662  beta-lactamase domain protein  29.63 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0686  beta-lactamase domain-containing protein  28.51 
 
 		 597 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3186  beta-lactamase domain-containing protein  30.35 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3814  beta-lactamase domain-containing protein  28.44 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.360876  normal  0.263273 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2531  beta-lactamase domain protein  25.09 
 
 		 312 aa  79.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1577  beta-lactamase domain protein  29.44 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4039  Beta-lactamase-like  30.92 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3306  beta-lactamase domain protein  30.15 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4299  beta-lactamase domain-containing protein  26.05 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2765  beta-lactamase domain protein  29.83 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00567584  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3215  beta-lactamase domain-containing protein  26.09 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.906038  normal  0.814855 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1435  beta-lactamase-like  27.08 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.388274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4063  beta-lactamase-like  26.09 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528155  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4303  beta-lactamase domain-containing protein  26.09 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.71602  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1711  Beta-lactamase-like  25.99 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0911  beta-lactamase domain protein  26.45 
 
 		 330 aa  76.6  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.289048  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04774  hypothetical protein  29.57 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05663  hypothetical protein  29.57 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4534  beta-lactamase-like  25.57 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000147099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  26.84 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4303  beta-lactamase domain-containing protein  26.09 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.491104 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0890  beta-lactamase-like  24.66 
 
 		 317 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0565  putative metallo-beta-lactamase family protein  23.53 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.612107  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1880  Beta-lactamase-like  21.5 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000360179  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2893  beta-lactamase domain protein  29.35 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3721  beta-lactamase domain-containing protein  25.99 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.383554 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4197  beta-lactamase domain-containing protein  25.99 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.216632  normal  0.10176 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1824  beta-lactamase domain-containing protein  26.67 
 
 		 342 aa  73.9  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00672926 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4660  beta-lactamase domain protein  25.74 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413221  normal  0.152436 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>