154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2107 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2107  beta-lactamase domain protein  100 
 
 		 309 aa  621  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2501  beta-lactamase domain protein  100 
 
 		 322 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.541242 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0734  beta-lactamase domain-containing protein  39.71 
 
 		 343 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  0.0589281 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0244  beta-lactamase domain protein  33.44 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0816903 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2189  hypothetical protein  32.51 
 
 		 323 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.887609  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2305  beta-lactamase-like protein  27.59 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0142167 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0472  hydrolase, putative  29.79 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389397 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3399  hypothetical protein  31 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0521141 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3516  beta-lactamase domain-containing protein  30.54 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0323096  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1965  beta-lactamase domain-containing protein  30.85 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0582  beta-lactamase domain protein  32.86 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5952  putative metallo-beta-lactamase family protein  33.71 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2819  beta-lactamase domain protein  32.79 
 
 		 342 aa  93.6  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1512  Beta-lactamase-like  27.9 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000011498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1735  beta-lactamase domain protein  29.6 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.593356  normal  0.313323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1782  beta-lactamase domain-containing protein  29.23 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.378951 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2257  metallo-beta-lactamase family protein  29.57 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3125  beta-lactamase domain-containing protein  29.41 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265077  normal  0.697397 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2678  beta-lactamase domain protein  29.8 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5976  beta-lactamase domain protein  31.88 
 
 		 315 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3167  beta-lactamase domain protein  25.8 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2500  beta-lactamase domain protein  28.82 
 
 		 315 aa  89.4  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.397877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2106  beta-lactamase domain protein  28.82 
 
 		 315 aa  89.4  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.105061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1824  beta-lactamase domain-containing protein  28.93 
 
 		 342 aa  89  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00672926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3085  beta-lactamase domain-containing protein  29.41 
 
 		 307 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  27.73 
 
 		 333 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2733  beta-lactamase domain-containing protein  30.11 
 
 		 325 aa  86.3  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2112  beta-lactamase domain protein  27.55 
 
 		 310 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1621  Beta-lactamase-like  22.86 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.683443  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1776  beta-lactamase domain-containing protein  27.55 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1103  putative hydrolase  24.9 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197828  normal  0.352936 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2589  hypothetical protein  29.51 
 
 		 364 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3948  beta-lactamase domain-containing protein  27.92 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0471  beta-lactamase domain protein  26.82 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0298  metallo-beta-lactamase family protein  25.77 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0185877  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1247  beta-lactamase domain-containing protein  27.53 
 
 		 364 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.352248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5751  beta-lactamase domain-containing protein  30.07 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0502881 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2363  beta-lactamase domain-containing protein  27.62 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0543  beta-lactamase domain protein  24.63 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0255834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1026  Beta-lactamase-like  29.32 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0095  beta-lactamase domain-containing protein  25.95 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0686  beta-lactamase domain-containing protein  27.78 
 
 		 597 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0555  beta-lactamase domain protein  27.66 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000575755  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2858  beta-lactamase domain protein  23.51 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1961  beta-lactamase domain-containing protein  28.09 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.141309  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3770  beta-lactamase domain-containing protein  29.45 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1934  beta-lactamase domain-containing protein  26.56 
 
 		 347 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3350  metallo-beta-lactamase family protein  28.18 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1656  Rhodanese domain protein  25.35 
 
 		 438 aa  73.9  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3115  hypothetical protein  29.3 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2427  beta lactamase precursor  30.08 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.662224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2531  beta-lactamase domain protein  24.6 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0427  hypothetical protein  26.85 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4051  beta-lactamase domain-containing protein  26.27 
 
 		 319 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00000219811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1673  beta-lactamase domain protein  26.43 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0505  beta-lactamase domain protein  20.59 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7214  beta-lactamase domain protein  27.85 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0580  beta-lactamase domain-containing protein  26.85 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2278  Beta-lactamase-like  26.43 
 
 		 318 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0911  beta-lactamase domain protein  23.69 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.289048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4534  beta-lactamase-like  28.15 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000147099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1597  beta-lactamase domain protein  26.07 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.789295  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4160  SoxH protein-like  27.34 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671969  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0725  beta-lactamase domain-containing protein  26.9 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0290049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0150  beta-lactamase domain-containing protein  26.64 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4217  Beta-lactamase-like  26.91 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1041  beta lactamase precursor  26.07 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215964  normal  0.327704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0292  beta-lactamase domain protein  28.63 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0338  beta-lactamase-like protein  27.17 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.549324 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1940  beta-lactamase domain-containing protein  27.27 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.386829  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0809  beta-lactamase domain-containing protein  26.8 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.951581  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0326  beta-lactamase domain protein  22.06 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.315816  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0080  beta-lactamase domain protein  25 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0225  SoxH protein-like  21.84 
 
 		 378 aa  62  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.986095  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4299  beta-lactamase domain-containing protein  26.62 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1871  Beta-lactamase-like  24.5 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1394  metallo-beta-lactamase family protein  25.93 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4551  beta-lactamase domain-containing protein  24.16 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1231  beta-lactamase domain protein  25.54 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0606732 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2056  Beta-lactamase-like  21.32 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000527783  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4097  beta-lactamase-like  26.52 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6284  beta-lactamase domain-containing protein  28.25 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0941559  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5107  beta-lactamase domain protein  26.17 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.065858  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4039  Beta-lactamase-like  24.15 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4154  beta-lactamase domain-containing protein  26.67 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1197  beta-lactamase domain protein  28.05 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2060  metallo-beta-lactamase family protein  26.61 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3232  metallo-beta-lactamase family protein  26.61 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0852  metallo-beta-lactamase family protein  26.61 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2684  metallo-beta-lactamase family protein  26.61 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3178  metallo-beta-lactamase family protein  26.61 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3217  metallo-beta-lactamase family protein  26.61 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1925  metallo-beta-lactamase family protein  26.61 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0966006  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4537  beta-lactamase domain protein  27.73 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.630097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1300  beta-lactamase domain-containing protein  28.8 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.862456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4063  beta-lactamase-like  25.86 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528155  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4303  beta-lactamase domain-containing protein  25.86 
 
 		 336 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.71602  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3215  beta-lactamase domain-containing protein  25.86 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.906038  normal  0.814855 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2083  Beta-lactamase-like  17.23 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0849  beta-lactamase domain protein  26.19 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>