More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3501 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3501  hypothetical protein  100 
 
 		 291 aa  552  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  66.43 
 
 		 294 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  66.43 
 
 		 294 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  77.01 
 
 		 303 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  62.45 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  54.09 
 
 		 272 aa  251  9.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  47.6 
 
 		 293 aa  248  8e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3106  hypothetical protein  50.72 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4940  hypothetical protein  46.43 
 
 		 303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.361149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  47.52 
 
 		 324 aa  238  8e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4763  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.89 
 
 		 314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4185  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.36 
 
 		 291 aa  228  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  48.03 
 
 		 307 aa  227  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.82 
 
 		 290 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0391  protein of unknown function DUF6 transmembrane  55.4 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.598398  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25270  predicted permease, DMT superfamily  51.92 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2255  hypothetical protein  48.16 
 
 		 290 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.116056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2560  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.06 
 
 		 290 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.711408  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0088  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.84 
 
 		 290 aa  216  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.529373  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0070  carboxylate/amino acid/amine transporter  46.35 
 
 		 288 aa  216  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  46.49 
 
 		 318 aa  212  5.999999999999999e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5289  regulator protein PecM  48.92 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.517421 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2279  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.13 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0136903  normal  0.215844 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0619  hypothetical protein  44.66 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4094  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.09 
 
 		 317 aa  187  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.466006  normal  0.380638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2764  hypothetical protein  49.81 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.876324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  42.8 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.1 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0151  putative transmembrane protein  46.85 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0551496  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3677  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.36 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0215  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.92 
 
 		 285 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000175088  normal  0.378069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4245  hypothetical protein  37.31 
 
 		 285 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000122262  hitchhiker  0.00219233 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3499  hypothetical protein  36.92 
 
 		 285 aa  122  8e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290777  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4124  hypothetical protein  37.31 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000621435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0213  hypothetical protein  36.92 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223398  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2455  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.25 
 
 		 362 aa  116  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3933  hypothetical protein  36.33 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000367698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3735  hypothetical protein  35.94 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.486754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3806  hypothetical protein  35.94 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.305382  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4527  integral membrane domain-containing protein  35.16 
 
 		 284 aa  99.8  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3337  hypothetical protein  29.33 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.491654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3644  hypothetical protein  28.35 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  29.26 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1780  SMR family transporter-like protein  30.28 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1280  SMR family transporter PecM  27.93 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13721  SMR family transporter  28.03 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.125485  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0798  SMR family transporter PecM  28.28 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16531  SMR family transporter  28.86 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.724697 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.74 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13801  SMR family transporter PecM  28.72 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1839  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.7 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12661  SMR family transporter PecM  27.24 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571261 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1225  hypothetical protein  31.95 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.157758  normal  0.931863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0924  hypothetical protein  31.95 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  25.62 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10038  transporter, putative  26.88 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1183  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.79 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.351558 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1323  hypothetical protein  28.52 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.754634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13511  SMR family transporter  27.84 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.468275  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2858  hypothetical protein  28.52 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2779  hypothetical protein  28.52 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.399846  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2825  hypothetical protein  25.71 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.693217  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2053  integral membrane protein DUF6  22.63 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5105  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.83 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.910123  normal  0.400388 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0337  hypothetical protein  26.64 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.595745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0584  SMR family transporter PecM  29.43 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2206  hypothetical protein  30.74 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.500007 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2149  hypothetical protein  30.74 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.327458 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1129  hypothetical protein  30.74 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2433  hypothetical protein  29.69 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21912  normal  0.079185 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06161  SMR family transporter  29.5 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0364363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2153  hypothetical protein  30.74 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0413496 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3672  DMT family permease  27.94 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.199096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1141  hypothetical protein  29.59 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.432755  normal  0.40776 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  27.5 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3529  hypothetical protein  28.67 
 
 		 356 aa  67.4  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  25.27 
 
 		 300 aa  67  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  26.62 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.28 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5328  DMT family transporter: drug/metabolite  25.95 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.681519  normal  0.112664 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1690  carboxylate/amino acid/amine transporter  31.77 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00295335  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1684  hypothetical protein  31.77 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0157316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4921  hypothetical protein  30.61 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.876528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2061  hypothetical protein  31.77 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0126346  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2192  hypothetical protein  31.77 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000992606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2737  hypothetical protein  31.77 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.147206  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.91 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5748  hypothetical protein  27.08 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0406  hypothetical protein  25.27 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1917  permease of the drug/metabolite transporter  26.5 
 
 		 364 aa  65.9  0.0000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1251  hypothetical protein  29.68 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.948426 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2354  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.37 
 
 		 302 aa  65.1  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.165015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1468  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.38 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3565  DMT family permease  24.72 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0614  hypothetical protein  28.7 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.793044 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0377  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.16 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3034  hypothetical protein  28.76 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0593  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.78 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0532  hypothetical protein  27.74 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3864  hypothetical protein  30.13 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.209657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>