48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1854 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1854  putative phage repressor  100 
 
 		 241 aa  493  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0873919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  48.33 
 
 		 235 aa  215  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5792  putative phage repressor  39.04 
 
 		 230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3831  putative phage repressor  34.89 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1918  putative phage repressor  33.48 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.514362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2321  putative phage repressor  27.73 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3352  putative phage repressor  34.5 
 
 		 240 aa  85.9  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.140887  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3844  XRE family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1673  putative phage repressor  30.23 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.219867  normal  0.134588 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1398  putative phage repressor  30.43 
 
 		 225 aa  77.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  31.8 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2405  putative phage repressor  33.86 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4082  putative phage repressor  26.52 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6554  putative phage repressor  31.28 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024132  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2209  putative phage repressor  26.16 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.111819 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  33.33 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  32.73 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1469  putative phage repressor  35.4 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.416764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6165  hypothetical protein  33.94 
 
 		 110 aa  57  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203804  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5950  putative phage repressor  32.52 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  32.5 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  32.06 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  39.19 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0734  putative phage repressor  30.83 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179143  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  39.19 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  32.74 
 
 		 214 aa  53.1  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  37.84 
 
 		 210 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  30.91 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  31.58 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0691  hypothetical protein  40 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00140732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0258  putative phage repressor  24.18 
 
 		 230 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  33.73 
 
 		 210 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0751  hypothetical protein  29.2 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4624  putative phage repressor  36.23 
 
 		 210 aa  49.3  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  26.52 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2380  peptidase S24, S26A and S26B  28.21 
 
 		 421 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000103067  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  26.2 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  31.86 
 
 		 240 aa  47  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0133  putative phage repressor  30.84 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.149707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3217  putative phage repressor  30.37 
 
 		 236 aa  45.8  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111001  normal  0.682159 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  35.71 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  31.03 
 
 		 331 aa  45.4  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  35.21 
 
 		 120 aa  43.9  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  32.31 
 
 		 215 aa  43.5  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 212 aa  42.7  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0139  putative phage repressor  60.71 
 
 		 215 aa  42.4  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.378141 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2457  peptidase S24 and S26 domain protein  38.46 
 
 		 244 aa  42  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.16155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1642  LexA repressor  31.25 
 
 		 236 aa  42  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.217888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>