More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1770 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  37.55 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  37.55 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 317 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  145  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.61 
 
 		 312 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 283 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 283 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.87 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.87 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.87 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.87 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 287 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  31.03 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  31.03 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.58 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  31.03 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 277 aa  139  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  30.69 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  30.69 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  30.69 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  30.69 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  36.08 
 
 		 317 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 323 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.86 
 
 		 284 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  34.78 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.62 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 348 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 348 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 278 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2507  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>