More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1563 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1563  short chain dehydrogenase  100 
 
 
273 aa  555  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.17236 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3773  short chain dehydrogenase  87.18 
 
 
273 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302075  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3485  short chain dehydrogenase  87.91 
 
 
273 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591182 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2324  short chain dehydrogenase  75.75 
 
 
270 aa  424  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.298747  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2407  short chain dehydrogenase  74.72 
 
 
278 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2836  short chain dehydrogenase  74.44 
 
 
269 aa  417  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348617  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1338  short chain dehydrogenase  72.28 
 
 
269 aa  415  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.16343  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1298  short chain dehydrogenase  72.28 
 
 
269 aa  415  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1834  short chain dehydrogenase  68.77 
 
 
269 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.674997  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3912  short chain dehydrogenase  70.63 
 
 
275 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26200  short chain dehydrogenase  58.11 
 
 
277 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1726  short chain dehydrogenase  56.32 
 
 
265 aa  306  3e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0937598  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1815  short chain dehydrogenase  51.74 
 
 
258 aa  248  9e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.644023 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.85 
 
 
258 aa  223  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.67 
 
 
257 aa  211  1e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_22411  predicted protein  37.16 
 
 
321 aa  163  3e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.339546  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1425  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.49 
 
 
268 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1365  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
268 aa  149  6e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.468892  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
249 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1458  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  33.33 
 
 
258 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  31.66 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
253 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0489  sorbitol dehydrogenase  31.66 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000937678  hitchhiker  0.00159634 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
252 aa  133  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  31.27 
 
 
260 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
250 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0330  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.264194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0628  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0692  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0076  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2462  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0872  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1031  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.466971  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  33.33 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  33.33 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  33.33 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  32.95 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  33.33 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0868  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
260 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.730129 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 
257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
254 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0638  sorbitol dehydrogenase  31.66 
 
 
261 aa  129  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.122771  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
265 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
254 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
250 aa  126  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
259 aa  126  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
251 aa  125  5e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
254 aa  125  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
254 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
251 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
251 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
254 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
251 aa  123  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3166  sorbitol dehydrogenase  30.42 
 
 
269 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138901  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
249 aa  123  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4948  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.52 
 
 
250 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539161  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
254 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
244 aa  122  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.6 
 
 
251 aa  122  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
251 aa  122  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
239 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.33 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.93 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
255 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.53 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2147  sorbitol dehydrogenase  29.96 
 
 
256 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000207425  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
250 aa  119  7e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
254 aa  118  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07806  Versicolorin reductase (EC 1.1.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00791]  33.33 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00450533  normal  0.460888 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
248 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.93 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  30 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
253 aa  117  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.74 
 
 
245 aa  116  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0994  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.04 
 
 
247 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0983572  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
255 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  32.53 
 
 
256 aa  116  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
255 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
257 aa  116  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
255 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1234  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 
252 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
276 aa  115  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
249 aa  115  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
252 aa  115  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>