More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1199 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1199  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 138 aa  277  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00877844  normal  0.661473 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4426  MerR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 134 aa  143  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  54.01 
 
 		 137 aa  137  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  55.38 
 
 		 141 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  62.26 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4119  MerR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 137 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 146 aa  117  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  48.09 
 
 		 139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 142 aa  115  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 142 aa  115  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 141 aa  111  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 140 aa  110  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 140 aa  110  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 140 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 140 aa  110  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0211  MerR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 140 aa  110  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 142 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 174 aa  107  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4070  transcriptional regulator, MerR family  49.56 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.336663 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2931  MerR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.68732 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  44.27 
 
 		 142 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  46.09 
 
 		 140 aa  104  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  47.29 
 
 		 157 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  46.09 
 
 		 140 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  46.09 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 137 aa  102  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 162 aa  101  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 134 aa  99.8  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  40.94 
 
 		 140 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 140 aa  93.2  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 175 aa  91.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  39.09 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  39.09 
 
 		 144 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 134 aa  88.6  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  42.24 
 
 		 156 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  39.37 
 
 		 133 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  42.24 
 
 		 156 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 140 aa  87  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1678  MerR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 132 aa  86.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4523  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 149 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 136 aa  86.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 139 aa  86.7  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 138 aa  85.5  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1346  MerR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  41.67 
 
 		 145 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1851  MerR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 162 aa  84.3  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.138506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 147 aa  84.3  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 151 aa  84.3  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4014  MerR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 144 aa  84.3  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  37.8 
 
 		 133 aa  84  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 140 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0478  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 146 aa  82.8  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  38.46 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 137 aa  82  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 141 aa  82  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 147 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1336  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.200551  normal  0.195494 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  39.45 
 
 		 143 aa  82  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05447  transcription regulator protein  41.75 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.015587 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1657  putative transcriptional regulator  40.95 
 
 		 159 aa  81.3  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00996367  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 147 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2024  MerR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1241  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  38.89 
 
 		 148 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3444  transcriptional regulator, MerR family  35.61 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0545873  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3108  MerR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 154 aa  80.5  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.798682  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4360  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 134 aa  80.1  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1218  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 134 aa  80.1  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4384  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 134 aa  80.1  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 151 aa  80.1  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 151 aa  80.1  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2981  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 134 aa  80.1  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  40.74 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 147 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2633  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  39.05 
 
 		 162 aa  79  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0230  MerR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1973  MerR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2302  MerR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000169784  hitchhiker  0.000117286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 152 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.18 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  34.29 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>