95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1152 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1152  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 		 415 aa  842    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0462586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1675  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  61.56 
 
 		 424 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1476  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  56.94 
 
 		 421 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.369147 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4575  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  55.79 
 
 		 412 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2240  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  45.43 
 
 		 408 aa  318  7.999999999999999e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0942  hypothetical protein  48.15 
 
 		 296 aa  249  8e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349002  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1572  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.52 
 
 		 383 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5225  long-chain fatty acid transport protein  35.47 
 
 		 393 aa  189  9e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  34.81 
 
 		 345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.26 
 
 		 379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1590  porin  28.06 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.25 
 
 		 382 aa  97.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.78 
 
 		 385 aa  93.2  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  27.75 
 
 		 404 aa  90.9  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.16 
 
 		 372 aa  87  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  28.16 
 
 		 374 aa  86.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  25.06 
 
 		 386 aa  84.7  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.83 
 
 		 407 aa  84  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.06 
 
 		 394 aa  79  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.09 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.32 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.48 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.13 
 
 		 437 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.6 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.05 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.88 
 
 		 421 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.89 
 
 		 435 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.89 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  23.55 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.89 
 
 		 435 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.89 
 
 		 435 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.88 
 
 		 421 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.08 
 
 		 401 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.42 
 
 		 421 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.09 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.94 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.75 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.21 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.52 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.56 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.87 
 
 		 460 aa  57.4  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.08 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.55 
 
 		 423 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.86 
 
 		 519 aa  57  0.0000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  27.01 
 
 		 514 aa  56.6  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.26 
 
 		 446 aa  56.6  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.32 
 
 		 430 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  21.26 
 
 		 446 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.26 
 
 		 446 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.26 
 
 		 446 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  21.26 
 
 		 448 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.26 
 
 		 448 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.54 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.26 
 
 		 446 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.07 
 
 		 446 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  22.87 
 
 		 429 aa  53.5  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  23.11 
 
 		 422 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.93 
 
 		 430 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  25.2 
 
 		 438 aa  52.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  22.53 
 
 		 432 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.09 
 
 		 450 aa  52.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.67 
 
 		 421 aa  51.2  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.58 
 
 		 449 aa  51.6  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.58 
 
 		 449 aa  51.6  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.4 
 
 		 424 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  25.74 
 
 		 445 aa  50.4  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.25 
 
 		 449 aa  50.4  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.25 
 
 		 449 aa  50.4  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.08 
 
 		 449 aa  49.7  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  25.29 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.92 
 
 		 451 aa  49.3  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  24.79 
 
 		 437 aa  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.87 
 
 		 447 aa  47.4  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  23.32 
 
 		 424 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3793  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.26 
 
 		 436 aa  47  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0891393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.33 
 
 		 459 aa  46.6  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  23.56 
 
 		 432 aa  46.6  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  19.75 
 
 		 429 aa  45.8  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0941  hypothetical protein  43.55 
 
 		 100 aa  45.1  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.596897  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  25 
 
 		 414 aa  45.8  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.99 
 
 		 429 aa  45.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.17 
 
 		 450 aa  45.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.85 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.77 
 
 		 440 aa  45.8  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.3 
 
 		 451 aa  45.8  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.5 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.91 
 
 		 449 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  25.82 
 
 		 453 aa  44.7  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.16 
 
 		 448 aa  44.3  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  23.21 
 
 		 429 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6026  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.87 
 
 		 431 aa  43.9  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  24.77 
 
 		 414 aa  43.9  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  22.35 
 
 		 463 aa  43.5  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>