74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5225 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5225  long-chain fatty acid transport protein  100 
 
 
393 aa  796    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  56.27 
 
 
345 aa  361  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1572  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  38.75 
 
 
383 aa  222  9e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4575  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  32.81 
 
 
412 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1675  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.24 
 
 
424 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1152  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.2 
 
 
415 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0462586  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1476  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.86 
 
 
421 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.369147 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2240  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.49 
 
 
408 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0942  hypothetical protein  34.9 
 
 
296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349002  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.52 
 
 
382 aa  100  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.54 
 
 
394 aa  95.1  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.06 
 
 
385 aa  93.2  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1590  porin  28.57 
 
 
377 aa  88.2  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.52 
 
 
379 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  29.07 
 
 
374 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.07 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  26.34 
 
 
404 aa  77.4  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  26.69 
 
 
386 aa  75.5  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.36 
 
 
407 aa  74.3  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.43 
 
 
460 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  27.62 
 
 
514 aa  64.3  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.82 
 
 
422 aa  62.4  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.97 
 
 
519 aa  60.5  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.09 
 
 
417 aa  60.1  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.38 
 
 
401 aa  58.9  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.57 
 
 
415 aa  57  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  24.66 
 
 
432 aa  55.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
430 aa  54.7  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.12 
 
 
444 aa  53.9  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.69 
 
 
437 aa  53.9  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.86 
 
 
424 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.83 
 
 
427 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  26.46 
 
 
437 aa  51.6  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  24.57 
 
 
429 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.4 
 
 
430 aa  51.2  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.77 
 
 
423 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.69 
 
 
432 aa  49.7  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.28 
 
 
450 aa  49.7  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.02 
 
 
450 aa  48.1  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.26 
 
 
428 aa  48.9  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  25 
 
 
445 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.5 
 
 
437 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.5 
 
 
435 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  20.67 
 
 
438 aa  47.8  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  27.13 
 
 
442 aa  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.5 
 
 
435 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.5 
 
 
437 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.5 
 
 
435 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.7 
 
 
421 aa  47.8  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.03 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.7 
 
 
421 aa  47.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.7 
 
 
421 aa  47.8  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.33 
 
 
440 aa  47.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.54 
 
 
400 aa  47  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.26 
 
 
364 aa  46.6  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0351  outer membrane protein transport protein  24.56 
 
 
407 aa  46.2  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0140181  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0941  hypothetical protein  38.33 
 
 
100 aa  45.8  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.596897  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  28.26 
 
 
405 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  24.61 
 
 
422 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.53 
 
 
459 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.65 
 
 
429 aa  45.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.04 
 
 
442 aa  44.7  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
446 aa  43.9  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.19 
 
 
430 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  25.53 
 
 
424 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
446 aa  43.5  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
446 aa  43.5  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
446 aa  43.5  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
446 aa  43.5  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
448 aa  43.1  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  25 
 
 
448 aa  43.1  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  25 
 
 
446 aa  43.5  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.28 
 
 
446 aa  43.1  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.97 
 
 
421 aa  43.1  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>