24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1947 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  100 
 
 
514 aa  1038    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  53.56 
 
 
519 aa  537  1e-151  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  69.78 
 
 
386 aa  393  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  65.69 
 
 
460 aa  384  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  66.42 
 
 
404 aa  384  1e-105  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  64.64 
 
 
407 aa  373  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.95 
 
 
382 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.58 
 
 
372 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  33.58 
 
 
374 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1590  porin  33.47 
 
 
377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.67 
 
 
385 aa  127  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.29 
 
 
394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0942  hypothetical protein  26.04 
 
 
296 aa  77.4  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349002  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2240  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.29 
 
 
408 aa  70.1  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  26.21 
 
 
345 aa  67  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5225  long-chain fatty acid transport protein  27.62 
 
 
393 aa  64.7  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4575  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  27.68 
 
 
412 aa  62.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1476  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.57 
 
 
421 aa  62  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.369147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.14 
 
 
428 aa  57.4  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000579977  hitchhiker  0.00170597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1152  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.01 
 
 
415 aa  56.6  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0462586  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.54 
 
 
415 aa  56.6  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1572  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.37 
 
 
383 aa  55.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1675  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.14 
 
 
424 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>