185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1313 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  100 
 
 
448 aa  910    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  100 
 
 
446 aa  910    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  100 
 
 
448 aa  910    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.33 
 
 
446 aa  904    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.78 
 
 
446 aa  907    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
435 aa  823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
435 aa  823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.55 
 
 
446 aa  905    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.78 
 
 
446 aa  907    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
437 aa  823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
437 aa  823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.33 
 
 
446 aa  901    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  75.27 
 
 
444 aa  680    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  71.21 
 
 
440 aa  654    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
435 aa  822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.55 
 
 
446 aa  906    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  63.52 
 
 
427 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  61.89 
 
 
422 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  62.64 
 
 
415 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  61.59 
 
 
417 aa  557  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  64.02 
 
 
421 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  63.8 
 
 
421 aa  552  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  63.58 
 
 
421 aa  551  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  40.99 
 
 
453 aa  333  3e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  39.25 
 
 
430 aa  323  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  36.81 
 
 
419 aa  295  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  38.31 
 
 
412 aa  291  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  36.97 
 
 
414 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  36.24 
 
 
414 aa  280  5e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  33.56 
 
 
464 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0561  long-chain fatty acid transport protein  36.14 
 
 
428 aa  262  8e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0492643  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03124  hypothetical protein  35.4 
 
 
420 aa  260  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  34.47 
 
 
419 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  33.12 
 
 
442 aa  247  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.48 
 
 
450 aa  246  4e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.62 
 
 
448 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.76 
 
 
449 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.62 
 
 
448 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.15 
 
 
451 aa  242  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  32.54 
 
 
429 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  33.62 
 
 
415 aa  239  5e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.82 
 
 
449 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.82 
 
 
449 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.82 
 
 
449 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.61 
 
 
449 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.57 
 
 
445 aa  237  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000167182  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  33.05 
 
 
432 aa  235  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  32.59 
 
 
437 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  31.89 
 
 
438 aa  229  8e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  30.32 
 
 
432 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  32.81 
 
 
445 aa  223  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2687  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.51 
 
 
427 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000955558  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.21 
 
 
452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1450  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.89 
 
 
428 aa  220  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153151  unclonable  0.0000000000946875 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1587  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.24 
 
 
438 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000318349  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1462  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.7 
 
 
431 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00212901  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.19 
 
 
438 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000365967  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3099  long-chain fatty acid transport protein, putative  29.54 
 
 
440 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  31.67 
 
 
428 aa  218  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1397  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.7 
 
 
431 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00928382  unclonable  0.0000000000243576 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2866  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.15 
 
 
433 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0131226  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2791  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.03 
 
 
438 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000898305  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.96 
 
 
439 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000112018  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.86 
 
 
451 aa  217  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1618  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.22 
 
 
440 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000079524  decreased coverage  0.00000000170841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.12 
 
 
428 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3037  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.22 
 
 
441 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000400429  normal  0.0267167 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1414  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.89 
 
 
443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739159  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.88 
 
 
450 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.52 
 
 
432 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.54 
 
 
440 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000636439  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.91 
 
 
434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.74 
 
 
429 aa  178  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.48 
 
 
423 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.17 
 
 
426 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.81 
 
 
400 aa  172  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.4 
 
 
442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.35 
 
 
424 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.57 
 
 
421 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.54 
 
 
442 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.09 
 
 
401 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.42 
 
 
421 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.63 
 
 
427 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.57 
 
 
421 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  26.28 
 
 
429 aa  156  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  26.87 
 
 
424 aa  156  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  25.35 
 
 
424 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  25 
 
 
423 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.19 
 
 
450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  25.11 
 
 
422 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.06 
 
 
417 aa  141  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.7 
 
 
450 aa  139  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.4 
 
 
450 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.54 
 
 
415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  28.5 
 
 
446 aa  136  7.000000000000001e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.99 
 
 
430 aa  134  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  28.47 
 
 
432 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.78 
 
 
437 aa  130  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.47 
 
 
420 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.17 
 
 
429 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>