44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1590 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1590  porin  100 
 
 
377 aa  760    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  48.37 
 
 
382 aa  318  7e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  48.79 
 
 
372 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  48.52 
 
 
374 aa  316  5e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  42.33 
 
 
394 aa  280  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  40.26 
 
 
385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  39.85 
 
 
379 aa  260  3e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  31.42 
 
 
404 aa  188  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  31.35 
 
 
386 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.6 
 
 
460 aa  168  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.41 
 
 
407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.27 
 
 
519 aa  150  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  33.47 
 
 
514 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.03 
 
 
428 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000579977  hitchhiker  0.00170597 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2240  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.75 
 
 
408 aa  106  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4575  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  28.78 
 
 
412 aa  100  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1152  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.06 
 
 
415 aa  99.8  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0462586  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5225  long-chain fatty acid transport protein  28.57 
 
 
393 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1476  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.02 
 
 
421 aa  83.2  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.369147 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1572  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.71 
 
 
383 aa  81.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0942  hypothetical protein  36.88 
 
 
296 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349002  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1675  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.11 
 
 
424 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  27.31 
 
 
345 aa  70.1  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  24.71 
 
 
405 aa  59.3  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  25.38 
 
 
445 aa  55.8  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.46 
 
 
421 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.31 
 
 
424 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  23.38 
 
 
422 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.71 
 
 
423 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.36 
 
 
421 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.76 
 
 
364 aa  50.4  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  26.02 
 
 
437 aa  49.3  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  27.54 
 
 
429 aa  48.5  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.88 
 
 
421 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.97 
 
 
450 aa  47  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.74 
 
 
450 aa  46.6  0.0006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.69 
 
 
450 aa  46.6  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.38 
 
 
429 aa  45.8  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.98 
 
 
436 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  20.5 
 
 
453 aa  46.2  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  20.85 
 
 
424 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  18.72 
 
 
450 aa  43.9  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.79 
 
 
426 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.67 
 
 
451 aa  43.9  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>