76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1675 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1675  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
424 aa  857    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1476  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  68.69 
 
 
421 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.369147 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1152  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  61.56 
 
 
415 aa  504  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0462586  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4575  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  55.67 
 
 
412 aa  431  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2240  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  45.2 
 
 
408 aa  325  8.000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0942  hypothetical protein  47.52 
 
 
296 aa  256  6e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349002  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1572  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.11 
 
 
383 aa  201  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5225  long-chain fatty acid transport protein  33.06 
 
 
393 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  35.34 
 
 
345 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.48 
 
 
379 aa  87.4  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.92 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.02 
 
 
407 aa  83.6  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.34 
 
 
382 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1590  porin  25.49 
 
 
377 aa  79.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  25.07 
 
 
404 aa  77.4  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  27.35 
 
 
374 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.24 
 
 
372 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  25.92 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.39 
 
 
394 aa  67.8  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.81 
 
 
442 aa  63.2  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.68 
 
 
437 aa  58.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.4 
 
 
430 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.65 
 
 
430 aa  57  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.65 
 
 
423 aa  57  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.23 
 
 
460 aa  56.6  0.0000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.64 
 
 
417 aa  56.2  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.42 
 
 
415 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.68 
 
 
519 aa  55.5  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  25.18 
 
 
424 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.8 
 
 
427 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.44 
 
 
422 aa  55.1  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.43 
 
 
364 aa  55.1  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.01 
 
 
429 aa  54.3  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.35 
 
 
426 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.08 
 
 
421 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.08 
 
 
421 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.68 
 
 
427 aa  53.5  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.42 
 
 
401 aa  53.5  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.43 
 
 
421 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  25.29 
 
 
438 aa  52.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.78 
 
 
424 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.15 
 
 
430 aa  51.6  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.32 
 
 
450 aa  51.2  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.09 
 
 
423 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.83 
 
 
400 aa  50.4  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0941  hypothetical protein  53.66 
 
 
100 aa  50.4  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.596897  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.13 
 
 
451 aa  49.3  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  21.75 
 
 
405 aa  49.3  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.4 
 
 
429 aa  49.7  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3793  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21 
 
 
436 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0891393 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.93 
 
 
415 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.05 
 
 
451 aa  48.9  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6026  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.12 
 
 
431 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.57 
 
 
448 aa  47.8  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5803  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.05 
 
 
432 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.63 
 
 
449 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.63 
 
 
449 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.03 
 
 
447 aa  47.4  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.63 
 
 
449 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.63 
 
 
449 aa  47  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  22.26 
 
 
432 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.43 
 
 
450 aa  46.2  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  25.14 
 
 
514 aa  45.4  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  21.18 
 
 
432 aa  45.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  26.56 
 
 
422 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  20.67 
 
 
435 aa  44.3  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  23.76 
 
 
424 aa  44.3  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.89 
 
 
449 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.92 
 
 
448 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.91 
 
 
459 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  20.36 
 
 
435 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  20.36 
 
 
437 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  20.36 
 
 
437 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  20.36 
 
 
435 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34900  Membrane protein  24.2 
 
 
344 aa  43.1  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.294061  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  22.8 
 
 
463 aa  43.1  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>