44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0007 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  99.46 
 
 		 372 aa  750    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  100 
 
 		 374 aa  758    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  84.99 
 
 		 382 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1590  porin  48.21 
 
 		 377 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  43.37 
 
 		 385 aa  290  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  44.8 
 
 		 394 aa  283  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  39.74 
 
 		 379 aa  245  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  30.77 
 
 		 404 aa  183  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  31.76 
 
 		 386 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.75 
 
 		 407 aa  171  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.68 
 
 		 460 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.03 
 
 		 519 aa  155  8e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  33.58 
 
 		 514 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2240  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.82 
 
 		 408 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4575  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  28.2 
 
 		 412 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5225  long-chain fatty acid transport protein  28.87 
 
 		 393 aa  96.7  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0942  hypothetical protein  39.04 
 
 		 296 aa  92.8  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349002  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1152  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.18 
 
 		 415 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0462586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.24 
 
 		 428 aa  90.9  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000579977  hitchhiker  0.00170597 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  27.39 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1476  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.92 
 
 		 421 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.369147 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1675  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.14 
 
 		 424 aa  76.6  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1572  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.58 
 
 		 383 aa  70.9  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  24.03 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.86 
 
 		 450 aa  65.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.65 
 
 		 423 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.36 
 
 		 421 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.05 
 
 		 421 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  24.76 
 
 		 437 aa  53.5  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.58 
 
 		 421 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  21.57 
 
 		 424 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  24.31 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.88 
 
 		 423 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.19 
 
 		 424 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  21.67 
 
 		 427 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.86 
 
 		 450 aa  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.66 
 
 		 364 aa  47.4  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.56 
 
 		 417 aa  46.6  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.8 
 
 		 426 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  25 
 
 		 445 aa  45.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.74 
 
 		 450 aa  44.7  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.32 
 
 		 432 aa  44.7  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.04 
 
 		 450 aa  43.9  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.57 
 
 		 448 aa  43.1  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>