More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3115 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3882  sodium:dicarboxylate symporter  87.83 
 
 		 424 aa  684    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3115  sodium:dicarboxylate symporter  100 
 
 		 437 aa  865    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818363 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3781  sodium:dicarboxylate symporter  87.02 
 
 		 421 aa  665    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0549433  hitchhiker  0.000150842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0719  sodium:dicarboxylate symporter  83.33 
 
 		 418 aa  618  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0595  sodium:dicarboxylate symporter  80.39 
 
 		 414 aa  599  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.1634  normal  0.0311958 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3670  sodium:dicarboxylate symporter  80.39 
 
 		 414 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.200681 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3727  sodium:dicarboxylate symporter  80.39 
 
 		 414 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3853  sodium:dicarboxylate symporter  80.39 
 
 		 414 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000161512 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0642  sodium:dicarboxylate symporter  79.66 
 
 		 416 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4004  proton/glutamate symporter, putative  80.05 
 
 		 408 aa  591  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0642  sodium:dicarboxylate symporter  79.17 
 
 		 416 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000153755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3378  sodium:dicarboxylate symporter  79.17 
 
 		 416 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00033988 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0671  sodium:dicarboxylate symporter  79.9 
 
 		 414 aa  587  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2987  sodium:dicarboxylate symporter  78.37 
 
 		 417 aa  587  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0529  sodium:dicarboxylate symporter  80.11 
 
 		 373 aa  524  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0598  sodium:dicarboxylate symporter  77.91 
 
 		 392 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2949  sodium:dicarboxylate symporter  65.93 
 
 		 422 aa  489  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01133  hypothetical protein  57.55 
 
 		 424 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004292  proton/glutamate symport protein  57.35 
 
 		 424 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0413758  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1325  proton glutamate symport protein  58.23 
 
 		 427 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.151644  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0052  proton/glutamate symporter  41.99 
 
 		 433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04867  glutamate-aspartate symport protein  41.75 
 
 		 434 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1800  sodium:dicarboxylate symporter  40.19 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0926897  hitchhiker  0.00000253529 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1281  sodium/dicarboxylate symporter  40.67 
 
 		 434 aa  299  6e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2227  sodium:dicarboxylate symporter  39.15 
 
 		 439 aa  295  9e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.49503  hitchhiker  0.00495377 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1532  sodium:dicarboxylate symporter  39.23 
 
 		 442 aa  295  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132104  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001114  proton/glutamate symporter  40.53 
 
 		 434 aa  293  4e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.602578  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2844  sodium:dicarboxylate symporter  39.09 
 
 		 436 aa  291  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000693951  decreased coverage  0.00000000285663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1194  putative proton/glutamate symporter  38.39 
 
 		 447 aa  286  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17283  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  38.57 
 
 		 437 aa  286  7e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.147509 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1852  sodium:dicarboxylate symporter  38.67 
 
 		 440 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000496305 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2492  sodium:dicarboxylate symporter  38.67 
 
 		 440 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.574734  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2499  sodium:dicarboxylate symporter  38.67 
 
 		 440 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.625769  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2359  sodium:dicarboxylate symporter  38.66 
 
 		 449 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0747418  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1657  sodium:dicarboxylate symporter  38.33 
 
 		 437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188605  hitchhiker  0.000269021 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2481  sodium:dicarboxylate symporter  37.86 
 
 		 436 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  38.42 
 
 		 437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1319  sodium:dicarboxylate symporter  38.82 
 
 		 437 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0460332  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1338  proton/glutamate symporter  37.56 
 
 		 445 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2612  sodium:dicarboxylate symporter  38.42 
 
 		 440 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.821757  normal  0.0122814 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  38.57 
 
 		 437 aa  281  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2121  sodium:dicarboxylate symporter  38.39 
 
 		 457 aa  259  6e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.343777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2253  sodium:dicarboxylate symporter  37.44 
 
 		 441 aa  258  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1836  sodium/proton:dicarboxylate (glutamate) symporter  38.14 
 
 		 457 aa  257  2e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2331  sodium:dicarboxylate symporter  37.17 
 
 		 438 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.712611  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0510  sodium:dicarboxylate symporter  34.82 
 
 		 425 aa  254  3e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.249513  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02356  putative proton/glutamate symporter  37.32 
 
 		 448 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0366  sodium:dicarboxylate symporter  38.08 
 
 		 457 aa  251  1e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538008  hitchhiker  0.000704417 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11810  Na+/H+ dicarboxylate symporter  35.89 
 
 		 440 aa  251  2e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0215347 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0646  Na+/H+ - glutamate/aspartate symport protein  37.89 
 
 		 436 aa  246  8e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1097  sodium:dicarboxylate symporter  37.02 
 
 		 452 aa  242  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3549  sodium:dicarboxylate symporter  33.49 
 
 		 444 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0768  sodium:dicarboxylate symporter  33.49 
 
 		 444 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3480  sodium:dicarboxylate symporter  33.33 
 
 		 444 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3671  sodium:dicarboxylate symporter  33.49 
 
 		 444 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1508  proton/glutamate symporter family protein  36.84 
 
 		 411 aa  240  4e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1547  proton/glutamate symporter family protein  37.2 
 
 		 411 aa  240  4e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0277859  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1274  sodium:dicarboxylate symporter family protein  37.08 
 
 		 411 aa  240  5e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3902  proton/glutamate symporter family protein  36.84 
 
 		 411 aa  239  5e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1300  proton/glutamate symporter family protein  37.08 
 
 		 411 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643511  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1479  proton/glutamate symporter family protein  37.08 
 
 		 411 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1273  sodium:dicarboxylate symporter family protein  37.08 
 
 		 411 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1408  proton/glutamate symporter family protein  37.08 
 
 		 411 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1441  proton/glutamate symporter family protein  36.6 
 
 		 411 aa  237  4e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.221753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2349  sodium:dicarboxylate symporter  34.7 
 
 		 409 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1311  sodium:dicarboxylate symporter  37.32 
 
 		 411 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0863  sodium:dicarboxylate symporter  31.51 
 
 		 443 aa  231  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0764  sodium:dicarboxylate symporter  32.08 
 
 		 435 aa  229  8e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3362  sodium:dicarboxylate symporter  32.08 
 
 		 440 aa  229  9e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0922  proton/glutamate symporter  32.61 
 
 		 424 aa  228  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3259  sodium:dicarboxylate symporter  32.08 
 
 		 440 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04780  Na+/H+ dicarboxylate symporter  34.37 
 
 		 445 aa  228  1e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.126443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1114  sodium:dicarboxylate symporter  35.65 
 
 		 411 aa  227  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.819191  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0775  sodium:dicarboxylate symporter  33.07 
 
 		 432 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1904  sodium:dicarboxylate symporter  32.85 
 
 		 409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.374206 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2768  proton/glutamate symporter  32.4 
 
 		 430 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0681  sodium:dicarboxylate symporter family protein  32.61 
 
 		 409 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.442764  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0147  sodium:dicarboxylate symporter  35.14 
 
 		 409 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0743  sodium:dicarboxylate symporter  30.63 
 
 		 433 aa  219  7e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0862  sodium:dicarboxylate symporter  30.9 
 
 		 449 aa  219  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4211  sodium:dicarboxylate symporter  34.13 
 
 		 416 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0148  sodium:dicarboxylate symporter  34.13 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.319254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0144  sodium:dicarboxylate symporter  34.13 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0147  sodium:dicarboxylate symporter  34.13 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02547  proton/glutamate symporter  34.04 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02764  hypothetical protein  35.45 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0142  sodium:dicarboxylate symporter  34.64 
 
 		 409 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0142  sodium:dicarboxylate symporter  34.4 
 
 		 409 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0129  sodium:dicarboxylate symporter  34.7 
 
 		 417 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.957581  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0157  proton/glutamate symporter  33.81 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1067  sodium:dicarboxylate symporter  32.97 
 
 		 410 aa  210  3e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000677504  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2890  sodium:dicarboxylate symporter  35.54 
 
 		 424 aa  209  6e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0145  sodium:dicarboxylate symporter  34.36 
 
 		 416 aa  209  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0616  sodium:dicarboxylate symporter  34.04 
 
 		 413 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1116  sodium:dicarboxylate symporter  33.94 
 
 		 408 aa  207  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1046  sodium:dicarboxylate symporter  35.06 
 
 		 408 aa  206  5e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3625  sodium:dicarboxylate symporter  36.11 
 
 		 408 aa  205  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003079  proton/glutamate symporter  35.47 
 
 		 419 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000289708  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1571  sodium:dicarboxylate symporter  32.35 
 
 		 402 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000275384  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0956  sodium:dicarboxylate symporter  33.84 
 
 		 437 aa  201  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>