More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3863 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3863  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3988  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0989  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 296 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3159  regulatory protein, LysR  49.83 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  28.52 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  30.71 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 326 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  26.12 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 295 aa  89  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 338 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 338 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.34 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  22.3 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  27.72 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  30.53 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  22.51 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  23.96 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  24.52 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  23.53 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>