More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_07300 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_07300  transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  622  1e-177  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1189  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.544335 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27230  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1907  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1975  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3479  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  31.38 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0449  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1358  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18090  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0943  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 294 aa  105  6e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.10979  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4827  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133031  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.3 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.86 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3345  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2231  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.392595  normal  0.0608782 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.04 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 284 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2431  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.95 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.95 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  34.27 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 367 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.95 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  23.87 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1823  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 283 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  21.96 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0698  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.49 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>