More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C3499 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  100 
 
 
198 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.61 
 
 
217 aa  178  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.92 
 
 
201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.4 
 
 
201 aa  166  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  38.76 
 
 
282 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  42.39 
 
 
217 aa  115  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  42.62 
 
 
205 aa  115  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  40.23 
 
 
287 aa  112  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  35.98 
 
 
289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.76 
 
 
293 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.31 
 
 
302 aa  86.3  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.2 
 
 
330 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 
203 aa  80.5  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.43 
 
 
201 aa  71.2  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.87 
 
 
342 aa  64.3  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0836  conserved hypothetical protein, putative exonuclease  31.02 
 
 
459 aa  63.5  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000965957  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 
395 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  31.46 
 
 
181 aa  62.8  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
240 aa  62.8  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.22 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
240 aa  62  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  28.83 
 
 
205 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.25 
 
 
470 aa  61.2  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  31.86 
 
 
259 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  35.58 
 
 
252 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
257 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.61 
 
 
212 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.61 
 
 
212 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.87 
 
 
240 aa  60.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
392 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 
204 aa  60.1  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.09 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  31.19 
 
 
242 aa  59.3  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
383 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.86 
 
 
239 aa  59.3  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2764  hypothetical protein  31.09 
 
 
120 aa  59.7  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  32.69 
 
 
246 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  32.69 
 
 
246 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 
378 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  33.73 
 
 
223 aa  58.5  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
253 aa  58.9  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  34.1 
 
 
220 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
208 aa  58.5  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  34.1 
 
 
220 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 
242 aa  58.2  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  30.27 
 
 
601 aa  58.2  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  27.51 
 
 
584 aa  58.2  0.00000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.83 
 
 
205 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  29.78 
 
 
379 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.83 
 
 
205 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 
220 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  33.53 
 
 
220 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  29.55 
 
 
570 aa  57.8  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.36 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.55 
 
 
482 aa  57.4  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 
214 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  33.53 
 
 
220 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  33.53 
 
 
220 aa  57.8  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  33.53 
 
 
220 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3002  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.55 
 
 
372 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.457806  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  32.02 
 
 
232 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
502 aa  57.4  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  33.53 
 
 
220 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  39.56 
 
 
217 aa  56.6  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  32.37 
 
 
232 aa  56.6  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  32.37 
 
 
232 aa  56.6  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  34.78 
 
 
695 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
219 aa  57  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  32.37 
 
 
232 aa  56.6  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  33.14 
 
 
220 aa  57.4  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  32.37 
 
 
232 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.81 
 
 
459 aa  57  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 
695 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  30.97 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  30.97 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.95 
 
 
1442 aa  56.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  29.12 
 
 
240 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  30.97 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  33.53 
 
 
220 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  30.97 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  30.97 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.27 
 
 
659 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 
398 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  31.78 
 
 
240 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  31.78 
 
 
240 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  28.49 
 
 
457 aa  55.8  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 
300 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
456 aa  55.5  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  30.36 
 
 
252 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.78 
 
 
242 aa  55.5  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  31.73 
 
 
252 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 
242 aa  55.1  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.71 
 
 
238 aa  55.1  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.23 
 
 
578 aa  55.1  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.58 
 
 
236 aa  55.1  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  31.78 
 
 
241 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.04 
 
 
174 aa  55.1  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.91 
 
 
695 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.82 
 
 
225 aa  55.1  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 
449 aa  54.7  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>