250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2429 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A2429  paratose synthase  100 
 
 
279 aa  571  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.417691  hitchhiker  0.0000951168 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3048  CDP-paratose synthetase  43.57 
 
 
285 aa  247  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.602683  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2900  paratose synthase  43.57 
 
 
285 aa  247  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00855353  normal  0.0646606 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.57 
 
 
285 aa  247  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319703  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0776  UDP-glucose 4-epimerase  41.11 
 
 
281 aa  210  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.10863  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3787  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 
298 aa  176  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
303 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0386  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 
298 aa  151  8.999999999999999e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.315921  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.670421 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2271  CDP-abequose synthase  31.82 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000541202 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
292 aa  124  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
301 aa  120  3e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2214  CDP-abequose synthase  27.65 
 
 
299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.242503  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2315  CDP-abequose synthase  27.65 
 
 
299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0279345 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2322  CDP-abequose synthase  27.65 
 
 
299 aa  118  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.360745  normal  0.0132689 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.34 
 
 
302 aa  72.4  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.48 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12941  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.33 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0139899  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.67 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  25 
 
 
319 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  25 
 
 
319 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5104  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.5 
 
 
664 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.12 
 
 
295 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.4 
 
 
320 aa  62.4  0.000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
315 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.19 
 
 
346 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0892  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.68 
 
 
324 aa  59.3  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
311 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.69 
 
 
298 aa  58.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
308 aa  58.5  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.22 
 
 
302 aa  57  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.3 
 
 
299 aa  57  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  19.23 
 
 
322 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.22 
 
 
302 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0679369  normal  0.411076 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.56 
 
 
335 aa  56.2  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0191  putative nucleotide sugar epimerase  23.72 
 
 
339 aa  55.8  0.0000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.068357  normal  0.128971 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.82 
 
 
298 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.41 
 
 
351 aa  54.3  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.73 
 
 
303 aa  54.7  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.06 
 
 
307 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  23.31 
 
 
307 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1063  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  24.51 
 
 
312 aa  53.9  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.84 
 
 
287 aa  53.9  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1414  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  23.22 
 
 
322 aa  53.9  0.000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
346 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.552823  normal  0.388725 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  21.67 
 
 
325 aa  53.9  0.000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.59 
 
 
295 aa  53.9  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000000196986 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  23.31 
 
 
307 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.37 
 
 
314 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0954433  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.31 
 
 
302 aa  52.8  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179855  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_55575  nad-dependent epimerase/dehydratase  24.1 
 
 
593 aa  52.8  0.000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  23.31 
 
 
307 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.98 
 
 
281 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.56 
 
 
288 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
316 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.32 
 
 
373 aa  51.6  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.36 
 
 
316 aa  52  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
313 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  20.65 
 
 
318 aa  50.8  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  24.19 
 
 
313 aa  51.2  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  32.71 
 
 
322 aa  51.6  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_26862  nad-dependent epimerase/dehydratase  22.55 
 
 
408 aa  50.8  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.095088  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1168  ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase  24.09 
 
 
317 aa  51.2  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.22 
 
 
373 aa  50.4  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.466913 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.28 
 
 
322 aa  50.4  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.73 
 
 
305 aa  50.4  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
318 aa  50.4  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  22.15 
 
 
326 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0122  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.44 
 
 
314 aa  50.1  0.00004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000000000109546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.37 
 
 
363 aa  50.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
313 aa  50.1  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1287  ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase  23.36 
 
 
317 aa  49.7  0.00005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
313 aa  49.7  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0596  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
280 aa  49.7  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.483885  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0476  ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase  23.03 
 
 
317 aa  49.7  0.00005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  18.45 
 
 
315 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.62 
 
 
324 aa  49.7  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
319 aa  49.7  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00831994  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.85 
 
 
353 aa  49.3  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
333 aa  49.7  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.28 
 
 
324 aa  49.3  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0418  fucose synthetase family protein  25 
 
 
326 aa  49.3  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0709177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.01 
 
 
317 aa  49.3  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
340 aa  49.3  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
340 aa  49.3  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0814825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
313 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0361  fucose synthetase family protein  25 
 
 
326 aa  49.3  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0252323  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.28 
 
 
324 aa  49.3  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.39 
 
 
316 aa  49.3  0.00008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.89 
 
 
342 aa  48.9  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0577  ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase  24.09 
 
 
317 aa  48.9  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.843654  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0223  putative nucleotide sugar epimerase  27.35 
 
 
340 aa  48.9  0.0001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.56 
 
 
307 aa  48.5  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0747  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
311 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.99 
 
 
373 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43376  predicted protein  20.06 
 
 
326 aa  48.9  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.412352  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4693  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.26 
 
 
317 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
313 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 
308 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.57 
 
 
306 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>