More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1158 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1158  exodeoxyribonuclease IX  100 
 
 		 289 aa  593  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0177587 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2973  5'-3' exonuclease  37.28 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.727762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  36.84 
 
 		 930 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  40.87 
 
 		 926 aa  173  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04579  exodeoxyribonuclease IX  36.65 
 
 		 328 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  40.08 
 
 		 951 aa  172  5.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  36.69 
 
 		 934 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  37.7 
 
 		 921 aa  168  8e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  35.17 
 
 		 923 aa  168  9e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  37.7 
 
 		 931 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  34.77 
 
 		 938 aa  166  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 921 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4290  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 921 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000095151  hitchhiker  0.000000056057 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 935 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 921 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 922 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  37.7 
 
 		 918 aa  166  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  37.41 
 
 		 930 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  35.83 
 
 		 918 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  34.89 
 
 		 928 aa  165  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  36.19 
 
 		 979 aa  165  8e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  37.7 
 
 		 933 aa  165  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 922 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  37.55 
 
 		 892 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 922 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  36.14 
 
 		 922 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  38.1 
 
 		 922 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001917  DNA polymerase I  37.05 
 
 		 928 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000349897  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  35.8 
 
 		 973 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  38.65 
 
 		 928 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  37.35 
 
 		 888 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 929 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  36.51 
 
 		 929 aa  162  9e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  37.3 
 
 		 932 aa  161  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  37.3 
 
 		 932 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0697  5'-3' exonuclease  36.97 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20067 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  37.3 
 
 		 932 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  37.8 
 
 		 945 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 934 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  37.3 
 
 		 928 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  34.74 
 
 		 930 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  36.03 
 
 		 937 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  36.03 
 
 		 937 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  35.61 
 
 		 968 aa  160  3e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  43 
 
 		 924 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  39.62 
 
 		 935 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2864  DNA polymerase I  36 
 
 		 480 aa  159  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  37.05 
 
 		 934 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  38.23 
 
 		 915 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0774  ribonuclease H  34.64 
 
 		 474 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  38.95 
 
 		 931 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  35.74 
 
 		 891 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  35.61 
 
 		 892 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  36.19 
 
 		 892 aa  156  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  39.62 
 
 		 915 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  36.54 
 
 		 892 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  34.55 
 
 		 928 aa  156  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0825  5'-3' exonuclease  34.64 
 
 		 474 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  35.66 
 
 		 937 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  39.23 
 
 		 915 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2017  DNA polymerase I  35.36 
 
 		 866 aa  154  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  34.83 
 
 		 893 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  39.23 
 
 		 915 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 928 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0344  DNA polymerase I  38.71 
 
 		 925 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  34.93 
 
 		 940 aa  153  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0270  DNA polymerase I  38.71 
 
 		 921 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  33.45 
 
 		 916 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0949  ribonuclease H  38.82 
 
 		 482 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  42.38 
 
 		 1020 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4712  DNA polymerase I  36.57 
 
 		 877 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.14352  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4417  DNA polymerase I  36.19 
 
 		 877 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  42.11 
 
 		 1010 aa  150  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4831  DNA polymerase I  36.57 
 
 		 877 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.318585  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  36.51 
 
 		 928 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  34.84 
 
 		 988 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4702  DNA polymerase I  36.57 
 
 		 877 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.7101300000000004e-28 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  34.7 
 
 		 978 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  36.9 
 
 		 930 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  34.69 
 
 		 935 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  36.11 
 
 		 928 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  36.11 
 
 		 928 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0541  DNA polymerase I  36.19 
 
 		 877 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.375796  hitchhiker  0.00000000000567935 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  36.11 
 
 		 928 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  36.11 
 
 		 928 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4482  DNA polymerase I  36.19 
 
 		 891 aa  149  6e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4317  DNA polymerase I  36.19 
 
 		 891 aa  149  6e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  34.33 
 
 		 979 aa  149  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  34.48 
 
 		 976 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  33.79 
 
 		 902 aa  149  8e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4718  DNA polymerase I  36.19 
 
 		 877 aa  148  8e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2345  DNA polymerase I  36.15 
 
 		 895 aa  148  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>