More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1372 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1372  short chain dehydrogenase family protein  100 
 
 
274 aa  558  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0570365 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.04 
 
 
247 aa  358  4e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0083444  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1674  short chain dehydrogenase family protein  69.55 
 
 
247 aa  353  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.89 
 
 
255 aa  353  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0196374  unclonable  0.0000000191957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.47 
 
 
258 aa  352  5e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000480386  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.47 
 
 
258 aa  352  5e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000108179  normal  0.0377265 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2774  short chain dehydrogenase family protein  68.44 
 
 
258 aa  349  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  hitchhiker  0.000224975 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.94 
 
 
257 aa  348  4e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0573631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.31 
 
 
247 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000349992  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.31 
 
 
247 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0978937  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.31 
 
 
247 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0264369  hitchhiker  0.0000000000470617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.9 
 
 
247 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0183678  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.85 
 
 
255 aa  340  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00108636  hitchhiker  0.000219096 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.22 
 
 
256 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1335  short chain dehydrogenase family protein  59.18 
 
 
247 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00551908  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 
238 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
249 aa  175  8e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
238 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2872  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
222 aa  123  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
257 aa  122  4e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
NC_002950  PG1221  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.39 
 
 
241 aa  91.3  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.92 
 
 
260 aa  89.4  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  28.98 
 
 
261 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  25.5 
 
 
270 aa  72  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 
258 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  26.64 
 
 
260 aa  71.6  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  25.1 
 
 
270 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0601  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  27.6 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  28.06 
 
 
266 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
245 aa  68.2  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.08 
 
 
277 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.97 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
277 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.29 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.29 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.29 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.29 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.29 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
239 aa  63.9  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  27.05 
 
 
249 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 
262 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 
282 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.5 
 
 
260 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.240703 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  25.88 
 
 
261 aa  63.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 
312 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
239 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
239 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  25.88 
 
 
261 aa  63.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
239 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
239 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.64 
 
 
239 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  28.89 
 
 
279 aa  62.4  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 
247 aa  62.4  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.53 
 
 
307 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.5 
 
 
260 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.767614  hitchhiker  0.00534124 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  26.75 
 
 
249 aa  62  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  26.75 
 
 
249 aa  62  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0429  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.5 
 
 
260 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406504 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.32 
 
 
258 aa  62  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  26.75 
 
 
249 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.02 
 
 
249 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  23.95 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
263 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.86 
 
 
309 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  26.05 
 
 
250 aa  60.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.86 
 
 
309 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  23.79 
 
 
256 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.86 
 
 
309 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.94 
 
 
289 aa  60.1  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.327148 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.85 
 
 
249 aa  60.1  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.999176  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  22.63 
 
 
249 aa  60.1  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 
267 aa  59.7  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  25.1 
 
 
258 aa  59.7  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
249 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  26.98 
 
 
266 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.53 
 
 
249 aa  59.3  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.3 
 
 
272 aa  58.9  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.514892 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  22.08 
 
 
250 aa  58.9  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  26.63 
 
 
253 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  23.65 
 
 
245 aa  58.5  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  26.89 
 
 
243 aa  58.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  24.6 
 
 
289 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  21.94 
 
 
249 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0144582 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 
366 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  25.2 
 
 
249 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.04 
 
 
255 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 
251 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.88 
 
 
273 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.59 
 
 
311 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  24.12 
 
 
292 aa  57.8  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.6 
 
 
327 aa  57.4  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
263 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  27.02 
 
 
246 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.96 
 
 
247 aa  57.4  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.13 
 
 
266 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  24.05 
 
 
248 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  25 
 
 
253 aa  57  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.83 
 
 
275 aa  56.6  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>