More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0630 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 		 384 aa  784    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  68.77 
 
 		 382 aa  541  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  69.82 
 
 		 384 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  69.82 
 
 		 384 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  69.82 
 
 		 384 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  69.15 
 
 		 379 aa  534  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  67.11 
 
 		 390 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  66.84 
 
 		 390 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  66.84 
 
 		 390 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  66.58 
 
 		 390 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  66.23 
 
 		 389 aa  524  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  63.9 
 
 		 377 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  67.99 
 
 		 358 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.62 
 
 		 375 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  57.98 
 
 		 375 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  57.56 
 
 		 375 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  57.29 
 
 		 375 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  57.29 
 
 		 375 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  57.29 
 
 		 375 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  57.29 
 
 		 375 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  57.03 
 
 		 375 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  57.29 
 
 		 375 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.42 
 
 		 376 aa  434  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.59 
 
 		 375 aa  432  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.15 
 
 		 376 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.15 
 
 		 376 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.23 
 
 		 375 aa  430  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.17 
 
 		 376 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.79 
 
 		 375 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.32 
 
 		 375 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.52 
 
 		 375 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.79 
 
 		 375 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.58 
 
 		 376 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.52 
 
 		 375 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.52 
 
 		 376 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.41 
 
 		 375 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  49.34 
 
 		 379 aa  358  8e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.51 
 
 		 382 aa  358  9.999999999999999e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.99 
 
 		 375 aa  342  5e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  48.66 
 
 		 374 aa  341  1e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  50 
 
 		 372 aa  330  2e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.65 
 
 		 379 aa  318  9e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.34 
 
 		 376 aa  317  3e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  43.77 
 
 		 411 aa  311  7.999999999999999e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.94 
 
 		 388 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.3 
 
 		 413 aa  280  4e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.81 
 
 		 403 aa  248  1e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  30.12 
 
 		 470 aa  169  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  28.01 
 
 		 458 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  28.01 
 
 		 458 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  29.41 
 
 		 471 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  30.89 
 
 		 489 aa  166  9e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  27.49 
 
 		 460 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  27.75 
 
 		 458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  27.75 
 
 		 458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  27.75 
 
 		 458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  28.27 
 
 		 458 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  29.24 
 
 		 485 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  27.49 
 
 		 458 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.42 
 
 		 493 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  27.49 
 
 		 458 aa  162  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  29.07 
 
 		 479 aa  162  1e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  29.24 
 
 		 495 aa  161  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  30.63 
 
 		 493 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  27.23 
 
 		 454 aa  160  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  27.23 
 
 		 454 aa  159  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  28.07 
 
 		 554 aa  158  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  28.98 
 
 		 459 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  29.79 
 
 		 452 aa  156  7e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  28.35 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  28.35 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.35 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.54 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  28.76 
 
 		 468 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.35 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  29.13 
 
 		 459 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  29.13 
 
 		 459 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  28.61 
 
 		 458 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.35 
 
 		 459 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  28.08 
 
 		 459 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  29.2 
 
 		 459 aa  153  4e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  28.03 
 
 		 457 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  29.13 
 
 		 459 aa  152  7e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  29.35 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  29.9 
 
 		 488 aa  150  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.56 
 
 		 460 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  28.61 
 
 		 572 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  30.88 
 
 		 479 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  28.31 
 
 		 460 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  29.23 
 
 		 453 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  26.79 
 
 		 454 aa  146  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  30.4 
 
 		 466 aa  143  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  27.72 
 
 		 488 aa  142  9e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  29.74 
 
 		 436 aa  142  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0633  RNA methyltransferase  27.96 
 
 		 451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.449857  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  28.68 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  24.61 
 
 		 453 aa  140  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  24.61 
 
 		 453 aa  140  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  28.12 
 
 		 448 aa  140  4.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  28.11 
 
 		 472 aa  140  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>