More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2914 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
278 aa  540  9.999999999999999e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.16 
 
 
295 aa  288  6e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.34 
 
 
293 aa  272  4.0000000000000004e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  47.96 
 
 
282 aa  261  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  47.96 
 
 
282 aa  261  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.85 
 
 
282 aa  258  6e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.85 
 
 
282 aa  258  6e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.52 
 
 
299 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.33 
 
 
282 aa  248  9e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  48.33 
 
 
282 aa  248  9e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  48.33 
 
 
282 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.33 
 
 
282 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.33 
 
 
282 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.7 
 
 
282 aa  247  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
281 aa  244  8e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  47.65 
 
 
301 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.19 
 
 
291 aa  243  3e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
301 aa  240  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
301 aa  240  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
301 aa  239  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
301 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
301 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
301 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
301 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.38 
 
 
301 aa  238  8e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.84 
 
 
323 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  44.62 
 
 
286 aa  236  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  45.95 
 
 
286 aa  236  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  48.34 
 
 
297 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  44.02 
 
 
286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.4 
 
 
309 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 
301 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.64 
 
 
297 aa  231  9e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
309 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
309 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2038  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  43.37 
 
 
292 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.478202  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  47.6 
 
 
297 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
322 aa  230  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5402  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.44 
 
 
306 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.434189  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.81 
 
 
282 aa  229  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  52.12 
 
 
293 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.4 
 
 
306 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  51.91 
 
 
303 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.83 
 
 
302 aa  228  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  44.96 
 
 
309 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.82 
 
 
306 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542321  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  43.25 
 
 
317 aa  228  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.82 
 
 
306 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  44.41 
 
 
308 aa  228  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
306 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
293 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.89 
 
 
306 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
303 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  48.85 
 
 
326 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  48.47 
 
 
326 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.21 
 
 
301 aa  226  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  48.09 
 
 
326 aa  226  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  44.53 
 
 
285 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  48.85 
 
 
326 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  43.94 
 
 
309 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
302 aa  226  3e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
308 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
308 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
308 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8152  ABC transporter membrane spanning protein  46.77 
 
 
285 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.58 
 
 
286 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
301 aa  225  5.0000000000000005e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
309 aa  225  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.92 
 
 
285 aa  224  8e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5302  putrescine ABC transporter, permease protein  50.83 
 
 
317 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.71 
 
 
328 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
301 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.71 
 
 
328 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.71 
 
 
328 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.71 
 
 
328 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
302 aa  224  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
308 aa  224  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130981  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.72 
 
 
303 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
309 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.86 
 
 
319 aa  223  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
331 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  47.33 
 
 
328 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  47.33 
 
 
328 aa  223  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000172169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2001  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.11 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.819816 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2478  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.11 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165165  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1245  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.11 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.332009  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01123  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.11 
 
 
275 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01131  hypothetical protein  42.11 
 
 
275 aa  222  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.54 
 
 
303 aa  222  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
324 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.97 
 
 
287 aa  221  7e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  49.15 
 
 
309 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  43.9 
 
 
292 aa  221  8e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1326  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.97 
 
 
287 aa  221  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0226525 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  49.78 
 
 
322 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2141  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.59 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  44.09 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>