281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1419 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1419  carboxylyase-like protein  100 
 
 		 463 aa  931    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4732  UbiD family decarboxylase  35.93 
 
 		 461 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1473  carboxylyase-like protein  35.27 
 
 		 425 aa  223  7e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0383556  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0716  4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.88 
 
 		 421 aa  218  2e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1310  UbiD family decarboxylase  36.62 
 
 		 469 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.134421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4788  UbiD family decarboxylase  35.36 
 
 		 462 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565671  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6675  UbiD family decarboxylase  36.43 
 
 		 506 aa  210  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2187  UbiD family decarboxylase  34.66 
 
 		 494 aa  206  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0843  carboxylyase-like protein  36.05 
 
 		 472 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2071  carboxylyase-like protein  36.64 
 
 		 494 aa  205  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3679  Carboxylyase-related protein  35.88 
 
 		 485 aa  195  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.416994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3716  UbiD family decarboxylase  33.33 
 
 		 469 aa  193  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1597  UbiD family decarboxylase  29.55 
 
 		 443 aa  192  1e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0305  UbiD family decarboxylase  34.69 
 
 		 425 aa  186  6e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4699  UbiD family decarboxylase  31.31 
 
 		 443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  33.05 
 
 		 488 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2102  carboxylyase-like protein  29.98 
 
 		 514 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0014  UbiD family decarboxylase  31.24 
 
 		 425 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7140  UbiD family decarboxylase  35.15 
 
 		 464 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.493954  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0533  UbiD family decarboxylase  34.69 
 
 		 425 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1386  UbiD family decarboxylase  34.92 
 
 		 425 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  32.09 
 
 		 522 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  30.83 
 
 		 487 aa  179  8e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  31.88 
 
 		 487 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3609  UbiD family decarboxylase  33.75 
 
 		 464 aa  178  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4939  UbiD family decarboxylase  32.08 
 
 		 443 aa  177  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.51 
 
 		 490 aa  177  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3430  carboxylyase-like protein  33.5 
 
 		 461 aa  176  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.540081  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0598  UbiD family decarboxylase  31.51 
 
 		 425 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.128348  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  30.33 
 
 		 487 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  32.43 
 
 		 488 aa  174  3.9999999999999995e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3071  carboxylyase-like protein  32.79 
 
 		 474 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0542866  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0078  UbiD family decarboxylase  30.75 
 
 		 447 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  30.25 
 
 		 495 aa  170  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0636  carboxylyase-like protein  34 
 
 		 464 aa  170  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3709  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.43 
 
 		 502 aa  170  6e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  30.24 
 
 		 502 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  30.24 
 
 		 502 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  29.49 
 
 		 480 aa  169  9e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 		 488 aa  169  9e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2525  UbiD family decarboxylase  30.87 
 
 		 504 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  30.19 
 
 		 487 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0050  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.16 
 
 		 525 aa  166  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  30.23 
 
 		 494 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0474  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.39 
 
 		 491 aa  166  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0510  UbiD family decarboxylase  32.25 
 
 		 412 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1121  carboxylyase-like protein  30.05 
 
 		 462 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3999  UbiD family decarboxylase  33.07 
 
 		 457 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  29.16 
 
 		 488 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1167  carboxylyase-like protein  32.13 
 
 		 447 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  29.35 
 
 		 488 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1132  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.54 
 
 		 520 aa  163  5.0000000000000005e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  30.8 
 
 		 496 aa  163  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0381  carboxylyase-like protein  30.72 
 
 		 476 aa  162  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.43 
 
 		 490 aa  162  9e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  29.59 
 
 		 492 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.54 
 
 		 488 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1325  carboxylyase-like protein  30.82 
 
 		 520 aa  162  2e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7527  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.12 
 
 		 455 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  31.02 
 
 		 493 aa  162  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3994  UbiD family decarboxylase  29.49 
 
 		 480 aa  161  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247967  normal  0.0822542 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06711  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.71 
 
 		 525 aa  161  3e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.97 
 
 		 509 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  30.22 
 
 		 502 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  29.16 
 
 		 488 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.24 
 
 		 506 aa  160  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1108  carboxylyase-like protein  30.43 
 
 		 446 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  30.28 
 
 		 493 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.94 
 
 		 488 aa  160  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2353  carboxylyase-like protein  31.46 
 
 		 531 aa  160  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.630162 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0767  UbiD family decarboxylase  33.63 
 
 		 411 aa  160  6e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.46 
 
 		 497 aa  159  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2139  UbiD family decarboxylase  35.54 
 
 		 413 aa  159  9e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  31.59 
 
 		 479 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  30.5 
 
 		 493 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  29.93 
 
 		 493 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  29.69 
 
 		 488 aa  159  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1174  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.69 
 
 		 491 aa  159  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  30.5 
 
 		 493 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  30.5 
 
 		 493 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  30.5 
 
 		 493 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0057  hypothetical protein  30.79 
 
 		 412 aa  158  2e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00482373 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  31.5 
 
 		 498 aa  157  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2042  UbiD family decarboxylase  28.76 
 
 		 502 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.527905  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  30.07 
 
 		 493 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  29.67 
 
 		 497 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  28.32 
 
 		 481 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  30 
 
 		 493 aa  157  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.25 
 
 		 497 aa  157  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  29.03 
 
 		 498 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.82 
 
 		 492 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18901  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.55 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.358341 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.82 
 
 		 492 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.82 
 
 		 492 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  29.32 
 
 		 550 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.25 
 
 		 497 aa  156  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  29.25 
 
 		 497 aa  156  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.25 
 
 		 497 aa  156  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.82 
 
 		 492 aa  156  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.25 
 
 		 497 aa  156  8e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>