38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5202 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5202  type II secretion system protein  100 
 
 		 357 aa  717    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1537  type II secretion system protein  100 
 
 		 357 aa  717    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0822651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5433  type II secretion system protein  49.56 
 
 		 346 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5027  type II secretion system protein  49.56 
 
 		 346 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5913  type II secretion system protein  29.2 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.649484  decreased coverage  0.00495524 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5876  type II secretion system protein  29.52 
 
 		 358 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5659  type II secretion system protein  29.52 
 
 		 358 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.867335  hitchhiker  0.00476713 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1606  type IV pilus biogenesis protein  29.45 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.164754  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0662  type IV pilus biogenesis protein  29.45 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2169  type IV pilus biogenesis protein  29.45 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0735578  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2253  type IV pilus biogenesis protein  29.45 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1983  type IV pilus biogenesis protein  29.45 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.611702  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0652  BfpE  29.45 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778877  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0773  type IV pilus biogenesis protein  28.24 
 
 		 358 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.7274  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4475  type IV B pilus protein  26.36 
 
 		 359 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59310  type IV B pilus protein  26.36 
 
 		 359 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0474078  hitchhiker  0.000000000806613 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0018  type II secretion system protein F  23.51 
 
 		 359 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0113  integral membrane protein  25.36 
 
 		 365 aa  90.5  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1513  type II secretion system protein  27.57 
 
 		 363 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5244  type II secretion system protein  27.85 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.601001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5447  type II secretion system protein  26.81 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.115593  normal  0.0802201 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0064  putative type IV secretion system protein PilR  24.25 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2834  Type II secretion system F domain protein  28.05 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3730  type IV pilus biogenesis protein PilR  27.23 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0630  putative type IV pilus protein  21.01 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0361  toxin co-regulated pilus biosynthesis protein E  20.29 
 
 		 340 aa  57.8  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.358963  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7247  type II secretory pathway component PulF-like protein  22.26 
 
 		 372 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4763  type II secretory pathway component PulF-like protein  24.62 
 
 		 384 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.861897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2664  type II secretion system protein  25.86 
 
 		 414 aa  49.7  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0473  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin protein  22.02 
 
 		 408 aa  48.9  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.615107  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002372  MSHA biogenesis protein MshG  22.32 
 
 		 407 aa  46.2  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0406716  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6560  hypothetical protein  22.65 
 
 		 377 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5556  type II secretion system protein  21.99 
 
 		 377 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.747245  normal  0.134799 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3701  hypothetical protein  28.86 
 
 		 413 aa  44.7  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  23.05 
 
 		 404 aa  44.7  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2610  general secretion pathway protein F  22.51 
 
 		 412 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.906322 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1865  type II secretion system protein  27.67 
 
 		 402 aa  43.1  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.334713 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1575  type II secretion system protein  24.53 
 
 		 403 aa  43.1  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.377421  normal  0.0567328 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>