More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1454 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1454  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 267 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.614106  normal  0.119882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1412  LysR substrate-binding  95.42 
 
 		 131 aa  254  8e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.25949 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  41.77 
 
 		 312 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 314 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 315 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 314 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 299 aa  112  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.39 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 318 aa  108  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.04 
 
 		 309 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 314 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.6 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 314 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 287 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 314 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.71 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 318 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.93 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.2 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.78 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.78 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.78 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 327 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.23 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 310 aa  99.8  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 294 aa  99.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1366  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 306 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165688  normal  0.0366589 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 296 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.47 
 
 		 294 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 296 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.47 
 
 		 313 aa  99.4  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 325 aa  99  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.06 
 
 		 294 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.61 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1365  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 267 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.20591  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  32.92 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 305 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.93 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.63 
 
 		 306 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.93 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 260 aa  97.1  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.3 
 
 		 329 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>