More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5134 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  81.82 
 
 		 517 aa  868    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  72.92 
 
 		 534 aa  776    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  73.5 
 
 		 517 aa  782    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 517 aa  1061    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  72.73 
 
 		 516 aa  778    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  49.22 
 
 		 532 aa  474  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  48.74 
 
 		 515 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  46.32 
 
 		 515 aa  455  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  46.32 
 
 		 515 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  46.85 
 
 		 565 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  43.38 
 
 		 518 aa  401  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  39.09 
 
 		 531 aa  329  8e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.98 
 
 		 526 aa  325  9e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 512 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 517 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 517 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 517 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 519 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  38.54 
 
 		 521 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 512 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.48 
 
 		 525 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 		 511 aa  313  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.91 
 
 		 525 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.05 
 
 		 526 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 		 508 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  39.33 
 
 		 503 aa  309  5.9999999999999995e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.92 
 
 		 525 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 508 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  38.83 
 
 		 523 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 517 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  36.5 
 
 		 520 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 526 aa  306  6e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 508 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 509 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.14 
 
 		 525 aa  302  8.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 		 519 aa  301  2e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.13 
 
 		 530 aa  301  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.62 
 
 		 525 aa  300  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 518 aa  299  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.01 
 
 		 526 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 518 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 		 519 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 662 aa  297  3e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 		 518 aa  296  6e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 515 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 		 487 aa  295  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.34 
 
 		 514 aa  293  5e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 509 aa  293  5e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  37.07 
 
 		 521 aa  293  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  34.69 
 
 		 520 aa  292  8e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  35.86 
 
 		 518 aa  292  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 520 aa  291  1e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.69 
 
 		 527 aa  291  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  35.27 
 
 		 514 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  36.07 
 
 		 502 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 525 aa  290  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 520 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 523 aa  288  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 		 515 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 		 515 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  36.36 
 
 		 521 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 516 aa  287  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  35.63 
 
 		 528 aa  286  5e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  36.03 
 
 		 516 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 517 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 511 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.73 
 
 		 518 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 		 539 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 528 aa  280  5e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 551 aa  280  5e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  35.28 
 
 		 521 aa  280  6e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.35 
 
 		 518 aa  279  7e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  38.11 
 
 		 501 aa  279  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  36.17 
 
 		 521 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  34.16 
 
 		 529 aa  277  3e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 518 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 499 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.78 
 
 		 510 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.78 
 
 		 510 aa  273  7e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 520 aa  271  1e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 510 aa  272  1e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 510 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 510 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  34.09 
 
 		 571 aa  271  2e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 504 aa  271  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 518 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  33.46 
 
 		 532 aa  271  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 510 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 512 aa  271  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.67 
 
 		 517 aa  271  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 		 557 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.67 
 
 		 517 aa  271  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 521 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.67 
 
 		 517 aa  271  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 510 aa  270  4e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.72 
 
 		 510 aa  270  5e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  270  5e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 566 aa  270  5e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  33.59 
 
 		 547 aa  270  5e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 534 aa  270  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>