More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0928 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 		 364 aa  738    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  47.61 
 
 		 350 aa  344  2e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  45.51 
 
 		 348 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  47.69 
 
 		 349 aa  319  6e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  45.17 
 
 		 349 aa  316  3e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  43.1 
 
 		 365 aa  310  2e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  45.24 
 
 		 347 aa  308  8e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  43.27 
 
 		 350 aa  305  1.0000000000000001e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.87 
 
 		 367 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  43.35 
 
 		 346 aa  301  1e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.88 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  42.12 
 
 		 349 aa  296  3e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  46.72 
 
 		 372 aa  295  6e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  46.72 
 
 		 372 aa  294  1e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  47.01 
 
 		 372 aa  294  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.14 
 
 		 386 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  46.02 
 
 		 377 aa  290  2e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  48.02 
 
 		 354 aa  285  5.999999999999999e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  48.14 
 
 		 377 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  45.71 
 
 		 378 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.85 
 
 		 356 aa  283  4.0000000000000003e-75  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.02 
 
 		 347 aa  282  8.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  43.78 
 
 		 394 aa  281  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.97 
 
 		 358 aa  280  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 398 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  43.94 
 
 		 382 aa  281  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.84 
 
 		 360 aa  280  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  44.67 
 
 		 342 aa  280  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.8 
 
 		 351 aa  279  6e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.37 
 
 		 363 aa  277  3e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.83 
 
 		 351 aa  276  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  41.45 
 
 		 357 aa  276  3e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.02 
 
 		 381 aa  276  5e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.83 
 
 		 351 aa  276  6e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.18 
 
 		 354 aa  275  7e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.39 
 
 		 373 aa  275  8e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.38 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  41.97 
 
 		 382 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.83 
 
 		 373 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.14 
 
 		 356 aa  273  3e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.91 
 
 		 349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.77 
 
 		 389 aa  273  4.0000000000000004e-72  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  42.42 
 
 		 371 aa  273  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.83 
 
 		 373 aa  272  7e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.83 
 
 		 373 aa  272  7e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  41.99 
 
 		 373 aa  272  7e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  42.7 
 
 		 374 aa  271  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.11 
 
 		 373 aa  270  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  46.09 
 
 		 408 aa  270  2e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.68 
 
 		 372 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.17 
 
 		 343 aa  270  2e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.14 
 
 		 344 aa  271  2e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  42.13 
 
 		 383 aa  271  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 		 373 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.11 
 
 		 373 aa  270  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.11 
 
 		 373 aa  270  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.62 
 
 		 343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 		 343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.68 
 
 		 380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.83 
 
 		 373 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.55 
 
 		 358 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  42.53 
 
 		 370 aa  270  4e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 		 368 aa  270  4e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  42.53 
 
 		 370 aa  270  4e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  43.1 
 
 		 382 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.94 
 
 		 373 aa  269  5e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 		 373 aa  269  5e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0596  radical SAM enzyme, Cfr family  38.35 
 
 		 353 aa  269  5.9999999999999995e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.11 
 
 		 373 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.83 
 
 		 373 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.63 
 
 		 351 aa  269  7e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.16 
 
 		 373 aa  269  7e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.11 
 
 		 373 aa  268  8e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 		 342 aa  268  8.999999999999999e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.39 
 
 		 373 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  43.2 
 
 		 344 aa  268  1e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  41.41 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  41.81 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4182  radical SAM protein  42.66 
 
 		 374 aa  267  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.79 
 
 		 351 aa  267  2e-70  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.38 
 
 		 364 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  39.5 
 
 		 403 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  43.03 
 
 		 356 aa  265  7e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  42.46 
 
 		 360 aa  265  7e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  39.2 
 
 		 356 aa  265  8e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.16 
 
 		 371 aa  265  8e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  42.39 
 
 		 342 aa  265  1e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0825  hypothetical protein  41.62 
 
 		 366 aa  264  1e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  41.44 
 
 		 382 aa  265  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.9 
 
 		 400 aa  265  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.23 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.23 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.79 
 
 		 398 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 		 398 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  42.21 
 
 		 357 aa  264  2e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.23 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.23 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  41.19 
 
 		 397 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>