168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2057 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2057  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 		 218 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34805  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4492  lysine exporter protein LysE/YggA  56.74 
 
 		 222 aa  212  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.948214  normal  0.885148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3698  lysine exporter protein LysE/YggA  59.33 
 
 		 211 aa  209  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3748  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  44.04 
 
 		 201 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2143  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.78 
 
 		 202 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281653  normal  0.178188 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1449  LysE family translocator protein  37.38 
 
 		 215 aa  131  6e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0643265  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4165  lysine exporter protein LysE/YggA  41.84 
 
 		 203 aa  131  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.547007  normal  0.28578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2387  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40 
 
 		 202 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00462504  hitchhiker  0.00355468 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0657  lysine exporter protein LysE/YggA  41.87 
 
 		 203 aa  121  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.925476  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4362  transporter, LysE family  38.38 
 
 		 200 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2359  lysine exporter protein LysE/YggA  38.86 
 
 		 206 aa  119  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16555  normal  0.148285 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1960  lysine exporter protein LysE/YggA  39.58 
 
 		 197 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4058  lysine exporter protein LysE/YggA  40 
 
 		 200 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1890  lysine exporter protein LysE/YggA  38.97 
 
 		 209 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.34738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2124  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  41.12 
 
 		 209 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2777  amino acid transporter LysE  38.61 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2593  lysine exporter protein LysE/YggA  39.29 
 
 		 205 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000430755  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0916  amino acid transporter LysE  38.02 
 
 		 204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1975  lysine exporter protein LysE/YggA  37.69 
 
 		 204 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1789  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.29 
 
 		 205 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000102829  hitchhiker  0.000000000101209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0955  lysine exporter protein LysE/YggA  38.02 
 
 		 199 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.599667  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2670  lysine exporter protein LysE/YggA  39.29 
 
 		 205 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000865788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4485  lysine exporter protein LysE/YggA  37.76 
 
 		 200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105145 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4472  lysine exporter protein LysE/YggA  38.02 
 
 		 199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301556 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2555  lysine exporter protein LysE/YggA  38.78 
 
 		 205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000168732  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0982  lysine exporter protein LysE/YggA  38.54 
 
 		 199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248105 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2975  lysine exporter protein LysE/YggA  37.02 
 
 		 202 aa  115  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.967667  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2433  lysine exporter protein (LysE/YggA)  38.19 
 
 		 202 aa  115  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.274749  hitchhiker  0.000341611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4370  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.79 
 
 		 211 aa  114  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1699  lysine exporter protein LysE/YggA  38.78 
 
 		 213 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.333091  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2174  lysine exporter protein LysE/YggA  39.2 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0221131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2773  lysine exporter protein LysE/YggA  39.09 
 
 		 210 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2243  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  42.21 
 
 		 208 aa  113  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.229976  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1845  lysine exporter protein LysE/YggA  38.19 
 
 		 214 aa  112  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.142006  normal  0.0992171 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2865  L-lysine exporter, putative  38.78 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5931  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.11 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0411323 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0272  lysine exporter protein LysE/YggA  40.4 
 
 		 199 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0282  lysine exporter protein LysE/YggA  40.4 
 
 		 199 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.299374  normal  0.22617 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0263  lysine exporter protein LysE/YggA  40.4 
 
 		 199 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.991169 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1903  lysine exporter protein LysE/YggA  42.71 
 
 		 199 aa  111  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0385  hypothetical protein  40.2 
 
 		 212 aa  111  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.394901 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3408  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  42.5 
 
 		 217 aa  111  9e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.554507  normal  0.0106718 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0604  lysine exporter protein LysE/YggA  37.5 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.622207  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2343  lysine exporter protein LysE/YggA  38.27 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.581715  hitchhiker  0.000000535695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2415  lysine exporter protein LysE/YggA  38.27 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.33094  hitchhiker  0.00103645 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1653  lysine exporter protein LysE/YggA  39.29 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.255522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03559  hypothetical protein  35.64 
 
 		 194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0394  lysine exporter protein LysE/YggA  39.79 
 
 		 196 aa  108  6e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002476  lysine efflux permease  34.69 
 
 		 209 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3862  putative transporter  38.46 
 
 		 216 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2024  hypothetical protein  36.51 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.294176 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4432  lysine exporter protein LysE/YggA  36.36 
 
 		 200 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21230  lysine efflux permease  37.63 
 
 		 205 aa  107  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0915178 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0310  lysine exporter protein LysE/YggA  39.11 
 
 		 202 aa  105  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1830  lysine exporter protein LysE/YggA  39.57 
 
 		 204 aa  105  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000951158 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3694  lysine exporter protein LysE/YggA  41.06 
 
 		 216 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.095431  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1506  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.76 
 
 		 205 aa  104  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4488  lysine exporter protein LysE/YggA  37.1 
 
 		 206 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5124  lysine exporter protein LysE/YggA  37.1 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5735  lysine exporter protein LysE/YggA  37.1 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2988  L-lysine exporter, putative  37 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3927  arginine exporter protein  36.36 
 
 		 205 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.481327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5299  lysine exporter protein LysE/YggA  36.02 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1397  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.37 
 
 		 211 aa  102  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4336  lysine exporter protein LysE/YggA  38.78 
 
 		 219 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2011  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.92 
 
 		 213 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3140  lysine exporter protein LysE/YggA  36.56 
 
 		 206 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.466671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2963  basic amino acid exporter LysE  36.22 
 
 		 205 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5006  lysine exporter protein LysE/YggA  36.56 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3649  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.99 
 
 		 207 aa  101  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3348  arginine exporter protein  36.68 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4220  arginine exporter protein  36.68 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3250  arginine exporter protein  36.68 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3147  lysine exporter protein LysE/YggA  36.56 
 
 		 206 aa  101  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.294591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1114  lysine exporter protein LysE/YggA  41.08 
 
 		 200 aa  101  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3100  LysE family transporter  38.34 
 
 		 201 aa  101  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0629336  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3484  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.6 
 
 		 250 aa  100  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4136  amino acid transporter LysE  32.29 
 
 		 206 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.540891  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3059  arginine exporter protein  36.68 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.832088  normal  0.417322 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2966  hypothetical protein  36.68 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1651  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.6 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.302942  normal  0.115475 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3475  L-lysine exporter, putative  37.62 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0664  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.06 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.207445  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12017  integral membrane protein  38.62 
 
 		 199 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3379  lysine exporter protein LysE/YggA  35.15 
 
 		 203 aa  99.4  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3336  arginine exporter protein  37.19 
 
 		 211 aa  99.4  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.313713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3446  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.69 
 
 		 205 aa  99  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20760  L-lysine exporter  38.2 
 
 		 204 aa  99  5e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0712  lysine exporter protein  37.06 
 
 		 208 aa  99  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3686  arginine exporter protein  38.19 
 
 		 204 aa  98.6  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3883  arginine exporter protein  38.19 
 
 		 204 aa  98.6  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0033  LysE family protein  35.48 
 
 		 206 aa  98.2  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2816  hypothetical protein  36.68 
 
 		 201 aa  97.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4177  lysine exporter protein LysE/YggA  38.14 
 
 		 208 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00817144  normal  0.249821 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4248  hypothetical protein  39.27 
 
 		 209 aa  97.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.142678 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0770  L-lysine exporter  36.68 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02717  hypothetical protein  36.68 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0029  LysE family protein  34.41 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1182  LysE family protein  34.41 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.899031  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1462  LysE family protein  34.41 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>