More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0123 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0123  inner-membrane translocator  100 
 
 		 343 aa  660    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2442  ABC transporter permease  57.73 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3252  inner-membrane translocator  64.04 
 
 		 336 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0683493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  36.04 
 
 		 330 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  36.04 
 
 		 330 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  36.04 
 
 		 330 aa  192  7e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  35.95 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  38.17 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  38.17 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  37.46 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  36.96 
 
 		 342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  36.96 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2782  inner-membrane translocator  36.02 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2826  inner-membrane translocator  36.02 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700859  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2809  inner-membrane translocator  36.02 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0829098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  34.02 
 
 		 324 aa  182  7e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4009  inner-membrane translocator  36.47 
 
 		 336 aa  182  8.000000000000001e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3765  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00344833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4135  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 321 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5198  Monosaccharide-transporting ATPase  35.5 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1397  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.8 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163625  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7831  sugar ABC transporter membrane protein  36.89 
 
 		 330 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  35.57 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3165  Monosaccharide-transporting ATPase  40.68 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  37.62 
 
 		 311 aa  177  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3593  monosaccharide-transporting ATPase  36.6 
 
 		 329 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  33.24 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  37.79 
 
 		 350 aa  176  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0184  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 326 aa  176  6e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  36.69 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  36.69 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 		 311 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  32.77 
 
 		 345 aa  173  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.96 
 
 		 311 aa  173  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3204  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 348 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000146759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4580  Monosaccharide-transporting ATPase  35.54 
 
 		 328 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000124272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  36.63 
 
 		 311 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  36.63 
 
 		 311 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  37.17 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 		 311 aa  172  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.63 
 
 		 311 aa  172  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  36.63 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  37.62 
 
 		 835 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  37.13 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.04 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7025  monosaccharide-transporting ATPase  36.81 
 
 		 335 aa  169  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.560665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  33.14 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  33.43 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  32.74 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  30.97 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0539  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  35 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  36.61 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2045  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1273  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 308 aa  168  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1602  monosaccharide-transporting ATPase  35.94 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0155  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00293955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  30.97 
 
 		 327 aa  167  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3707  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480101  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  32.24 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  32.93 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2716  high-affinity D-ribose ABC transporter membrane protein  34.15 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.139094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3263  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6473  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.760723  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6314  monosaccharide-transporting ATPase  35.63 
 
 		 343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.359966 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6708  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46964  normal  0.292611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0149  Monosaccharide-transporting ATPase  36.07 
 
 		 324 aa  166  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259249  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 314 aa  165  9e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2077  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110578 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  33.44 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  35.77 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  34.56 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2903  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1902  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0227487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  35.05 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0947  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3353  inner-membrane translocator  36.02 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2604  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.104291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  36.45 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  34.55 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3229  monosaccharide-transporting ATPase  36.64 
 
 		 324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0893  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.83 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1872  sugar transport system permease  34.41 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00854988 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 336 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2971  ribose ABC transporter, permease protein  34.41 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>