More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4359 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 		 321 aa  642    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  87.19 
 
 		 320 aa  562  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  56.72 
 
 		 327 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  55.63 
 
 		 327 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  55.31 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  55.31 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  55.31 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  55.31 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  55.31 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  55.31 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  50.32 
 
 		 329 aa  330  3e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  53.94 
 
 		 325 aa  325  6e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  53.94 
 
 		 325 aa  325  6e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.92 
 
 		 338 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.95 
 
 		 324 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.4 
 
 		 328 aa  315  9e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  53.14 
 
 		 320 aa  313  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.56 
 
 		 323 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  52.9 
 
 		 320 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.32 
 
 		 324 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  49.52 
 
 		 322 aa  309  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  53.33 
 
 		 323 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.92 
 
 		 318 aa  305  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.87 
 
 		 318 aa  305  7e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.29 
 
 		 327 aa  304  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.8 
 
 		 324 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  52.44 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  52.44 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  52.44 
 
 		 324 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.13 
 
 		 325 aa  301  7.000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.46 
 
 		 339 aa  301  9e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  52.7 
 
 		 320 aa  297  1e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  51.15 
 
 		 324 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  50.49 
 
 		 324 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  51.15 
 
 		 324 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.88 
 
 		 332 aa  293  2e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  49.35 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  49.68 
 
 		 326 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.82 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.9 
 
 		 322 aa  287  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  49.18 
 
 		 324 aa  285  5.999999999999999e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.84 
 
 		 321 aa  285  9e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  52.11 
 
 		 322 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  53.74 
 
 		 321 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  53.98 
 
 		 321 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  48.2 
 
 		 324 aa  278  7e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  45.25 
 
 		 405 aa  266  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  43.49 
 
 		 403 aa  265  5e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.45 
 
 		 320 aa  265  7e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.4 
 
 		 332 aa  263  3e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.73 
 
 		 333 aa  263  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  45.63 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  47.3 
 
 		 402 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.2 
 
 		 330 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  46.82 
 
 		 329 aa  252  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  47.13 
 
 		 322 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.67 
 
 		 324 aa  250  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.83 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.26 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.17 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  39.62 
 
 		 404 aa  246  4e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.69 
 
 		 319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  43.18 
 
 		 325 aa  245  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.15 
 
 		 315 aa  244  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  44.69 
 
 		 402 aa  243  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  44.27 
 
 		 402 aa  241  9e-63  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  38.54 
 
 		 402 aa  241  1e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  40.51 
 
 		 402 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.16 
 
 		 328 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.85 
 
 		 402 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  38.05 
 
 		 403 aa  240  2e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  48.47 
 
 		 330 aa  240  2.9999999999999997e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.12 
 
 		 324 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.04 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.42 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  46.56 
 
 		 406 aa  237  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  41.35 
 
 		 400 aa  237  2e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.67 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.17 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  37.42 
 
 		 403 aa  236  4e-61  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  42.86 
 
 		 402 aa  236  4e-61  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.26 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  36.79 
 
 		 403 aa  233  2.0000000000000002e-60  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.69 
 
 		 338 aa  233  2.0000000000000002e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.69 
 
 		 315 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  36.48 
 
 		 403 aa  231  9e-60  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  38.68 
 
 		 403 aa  231  1e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  42.81 
 
 		 408 aa  231  1e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  42.27 
 
 		 403 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0727  threonine dehydratase  46.25 
 
 		 411 aa  230  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  47 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  39.55 
 
 		 326 aa  230  3e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  47.3 
 
 		 404 aa  229  6e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  47.5 
 
 		 404 aa  228  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  40.51 
 
 		 415 aa  227  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.61 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.31 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  40.85 
 
 		 395 aa  227  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  43.26 
 
 		 412 aa  227  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  39.31 
 
 		 403 aa  226  3e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>