More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1647 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 		 328 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  88.51 
 
 		 328 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  79.13 
 
 		 329 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  71.52 
 
 		 368 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.37 
 
 		 368 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  72.5 
 
 		 327 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.62 
 
 		 327 aa  486  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.54 
 
 		 327 aa  485  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.41 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.38 
 
 		 324 aa  424  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.16 
 
 		 321 aa  416  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.55 
 
 		 334 aa  417  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.04 
 
 		 323 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.99 
 
 		 325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.54 
 
 		 323 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.59 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.88 
 
 		 330 aa  402  1e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.59 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5682  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.87 
 
 		 323 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.51 
 
 		 322 aa  392  1e-108  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  58.24 
 
 		 355 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 		 323 aa  384  1e-106  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.94 
 
 		 343 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.31 
 
 		 363 aa  381  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.43 
 
 		 344 aa  379  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.89 
 
 		 367 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  56.75 
 
 		 348 aa  376  1e-103  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.75 
 
 		 348 aa  376  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.43 
 
 		 346 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 		 362 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.59 
 
 		 343 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.92 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.1 
 
 		 345 aa  371  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.81 
 
 		 344 aa  373  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.89 
 
 		 353 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.93 
 
 		 359 aa  368  1e-101  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.46 
 
 		 348 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  54.41 
 
 		 373 aa  369  1e-101  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 		 348 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.81 
 
 		 346 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 		 348 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.21 
 
 		 346 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.14 
 
 		 360 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 		 348 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.26 
 
 		 346 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 		 348 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.05 
 
 		 364 aa  364  1e-100  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  56.05 
 
 		 346 aa  366  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.97 
 
 		 344 aa  365  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55 
 
 		 344 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.36 
 
 		 362 aa  368  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.36 
 
 		 362 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.92 
 
 		 344 aa  366  1e-100  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.16 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.23 
 
 		 345 aa  365  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.72 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 		 338 aa  365  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.05 
 
 		 346 aa  366  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.43 
 
 		 372 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.62 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.43 
 
 		 372 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.62 
 
 		 362 aa  366  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.02 
 
 		 326 aa  365  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.59 
 
 		 347 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.96 
 
 		 361 aa  364  1e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4448  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 		 340 aa  364  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.96 
 
 		 357 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.21 
 
 		 348 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.21 
 
 		 348 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.26 
 
 		 328 aa  363  3e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.05 
 
 		 347 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.05 
 
 		 347 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.92 
 
 		 347 aa  362  6e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.16 
 
 		 347 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.75 
 
 		 347 aa  361  8e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.75 
 
 		 347 aa  361  8e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.75 
 
 		 347 aa  361  8e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.75 
 
 		 347 aa  361  8e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.75 
 
 		 347 aa  361  8e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.72 
 
 		 372 aa  360  1e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.1 
 
 		 356 aa  361  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.71 
 
 		 360 aa  360  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.19 
 
 		 344 aa  360  2e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.43 
 
 		 347 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.75 
 
 		 359 aa  359  3e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.16 
 
 		 354 aa  359  3e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.64 
 
 		 340 aa  359  3e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.34 
 
 		 354 aa  358  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.67 
 
 		 368 aa  358  6e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.71 
 
 		 342 aa  358  7e-98  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.65 
 
 		 400 aa  358  9e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.82 
 
 		 344 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.12 
 
 		 361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.07 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4287  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.51 
 
 		 340 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.183807  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 		 347 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.97 
 
 		 340 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25417  gdp-mannose 4,6-dehydratase  53.06 
 
 		 363 aa  357  1.9999999999999998e-97  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.807653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>