More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1336 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4733  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  83.89 
 
 
689 aa  1120    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0478983  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1357  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  89.68 
 
 
688 aa  1155    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592157  normal  0.205396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4061  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  63.39 
 
 
656 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26931  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1336  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  100 
 
 
690 aa  1324    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1699  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.3 
 
 
700 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0618113  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0110  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 5  43.45 
 
 
700 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211688  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1746  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.45 
 
 
700 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.67 
 
 
618 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1110  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.33 
 
 
618 aa  297  3e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.970459  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1117  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  44.27 
 
 
657 aa  291  3e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.752039  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3375  NADH dehydrogenase I, L subunit  39.8 
 
 
617 aa  287  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762716  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1023  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.74 
 
 
662 aa  286  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.116112  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1349  NADH dehydrogenase I, L subunit  39.84 
 
 
613 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.05 
 
 
634 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3207  NADH dehydrogenase subunit L  39.07 
 
 
617 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000541221  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0169  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  47.38 
 
 
623 aa  281  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4129  NADH dehydrogenase subunit L  37.62 
 
 
617 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1570  NADH dehydrogenase subunit L  37.01 
 
 
614 aa  277  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1464  NADH dehydrogenase subunit L  37.01 
 
 
614 aa  277  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2822  NADH dehydrogenase subunit L  36.83 
 
 
613 aa  277  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.891485  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  37.76 
 
 
613 aa  276  7e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1806  NADH dehydrogenase subunit L  36.82 
 
 
614 aa  276  7e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.503368 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  39.63 
 
 
612 aa  276  8e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29880  NADH dehydrogenase subunit L  38.34 
 
 
615 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019108  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02203  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.705855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1379  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.285953  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1374  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.497316 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2559  NADH dehydrogenase subunit L  38.34 
 
 
615 aa  275  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  37.82 
 
 
611 aa  273  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3431  NADH dehydrogenase I, L subunit  44.86 
 
 
624 aa  273  1e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  37.82 
 
 
611 aa  273  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1011  NADH dehydrogenase subunit L  40.72 
 
 
615 aa  271  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  37.82 
 
 
611 aa  272  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0594  NADH dehydrogenase subunit L  39.73 
 
 
624 aa  272  2e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0869223  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2432  NADH dehydrogenase subunit L  37.82 
 
 
611 aa  272  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.83 
 
 
622 aa  272  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1863  NADH dehydrogenase subunit L  37.74 
 
 
617 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.141943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.46 
 
 
642 aa  271  4e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1736  NADH dehydrogenase subunit L  37.74 
 
 
617 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235558  normal  0.436531 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2209  NADH dehydrogenase subunit L  36.67 
 
 
683 aa  270  8e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.26 
 
 
645 aa  270  8e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3339  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.08 
 
 
646 aa  269  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.584461  normal  0.81981 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1404  NADH dehydrogenase subunit L  37.85 
 
 
616 aa  270  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.212624  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3701  NADH dehydrogenase subunit L  37.74 
 
 
617 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0168  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  47.3 
 
 
625 aa  268  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0583  NADH dehydrogenase subunit L  38.14 
 
 
624 aa  268  2e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1919  NADH dehydrogenase subunit L  35.83 
 
 
596 aa  267  5e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0146018  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3287  NADH dehydrogenase subunit L  36.51 
 
 
697 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.33354  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2762  NADH dehydrogenase subunit L  39.86 
 
 
615 aa  266  8e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2540  NADH dehydrogenase subunit L  35.51 
 
 
616 aa  266  8e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1739  NADH dehydrogenase subunit L  35.97 
 
 
596 aa  266  1e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.409991  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1553  NADH dehydrogenase subunit L  35.77 
 
 
596 aa  266  1e-69  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00128293  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0192  NADH dehydrogenase subunit L  38.35 
 
 
610 aa  266  1e-69  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  36.27 
 
 
636 aa  266  1e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28540  NADH dehydrogenase subunit L  36.64 
 
 
615 aa  265  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314589  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  41.82 
 
 
620 aa  265  2e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2585  NADH dehydrogenase subunit L  38.25 
 
 
701 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274397  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2415  NADH dehydrogenase subunit L  35.67 
 
 
688 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841593  normal  0.0146586 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1502  NADH dehydrogenase subunit L  38.44 
 
 
616 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1518  NADH dehydrogenase subunit L  37.99 
 
 
613 aa  264  4e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.282876  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2387  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.55 
 
 
666 aa  264  4.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00790686  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.1 
 
 
628 aa  263  6e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0320  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  43.73 
 
 
666 aa  262  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.16 
 
 
624 aa  262  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2874  NADH dehydrogenase subunit L  36.49 
 
 
697 aa  263  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.429312  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1235  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.71 
 
 
627 aa  261  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0151  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  46.86 
 
 
623 aa  261  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.56 
 
 
667 aa  260  6e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.52 
 
 
642 aa  259  1e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3613  NADH dehydrogenase subunit L  39.42 
 
 
617 aa  259  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.703817  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.8 
 
 
630 aa  259  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  41.29 
 
 
656 aa  258  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.05 
 
 
631 aa  257  5e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3999  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.7 
 
 
667 aa  256  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1364  NADH dehydrogenase subunit L  33.8 
 
 
666 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.703678  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.79 
 
 
643 aa  255  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0901  NADH dehydrogenase subunit L  33.06 
 
 
664 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1993  NADH dehydrogenase subunit L  36.68 
 
 
715 aa  254  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351523  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1876  NADH dehydrogenase subunit L  34.74 
 
 
688 aa  254  3e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.183339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.27 
 
 
641 aa  254  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5413  NADH dehydrogenase subunit L  42.15 
 
 
620 aa  254  3e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.37 
 
 
710 aa  254  3e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1033  NADH dehydrogenase subunit L  33.5 
 
 
662 aa  254  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1689  NADH dehydrogenase subunit L  37.55 
 
 
624 aa  254  3e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4156  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  42.6 
 
 
676 aa  254  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0322847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4550  NADH dehydrogenase subunit L  35.73 
 
 
695 aa  254  5.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0852267  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4974  NADH dehydrogenase subunit L  42.6 
 
 
620 aa  253  7e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0214  NADH dehydrogenase I chain L  42.18 
 
 
616 aa  253  7e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1434  NADH dehydrogenase subunit L  34.33 
 
 
600 aa  253  7e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1727  NADH dehydrogenase subunit L  36.5 
 
 
663 aa  253  7e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1305  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37.67 
 
 
676 aa  253  9.000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.674922  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5142  NADH dehydrogenase subunit L  42.34 
 
 
620 aa  253  1e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3915  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.5 
 
 
667 aa  252  1e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0442  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  40.26 
 
 
676 aa  252  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>