More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0654 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  86.64 
 
 		 294 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  87.15 
 
 		 291 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 301 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  56.34 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 295 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 292 aa  314  9e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  52.98 
 
 		 293 aa  299  4e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  55.21 
 
 		 292 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  55.86 
 
 		 301 aa  296  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 303 aa  294  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 292 aa  279  5e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 302 aa  268  7e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 303 aa  261  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4035  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647876 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.31 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.33 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  30.95 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 299 aa  125  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  29.14 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  28.67 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  28.97 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  29.09 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  28.67 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  28.67 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  28.67 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  28.02 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  29.82 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  27.64 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  28 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  28.16 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  29.73 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  27.63 
 
 		 304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  27.63 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  27.63 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  27.7 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  28 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  28.36 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  27.63 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  26.98 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  26.85 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  26.85 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  26.46 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  26.46 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  26.62 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  26.62 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>