80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2804 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2804  hypothetical protein  100 
 
 		 190 aa  357  8e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2952  hypothetical protein  65.79 
 
 		 192 aa  254  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0711734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4019  hypothetical protein  69.68 
 
 		 195 aa  243  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.886213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2796  hypothetical protein  62.05 
 
 		 196 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.514284  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2508  hypothetical protein  65.79 
 
 		 191 aa  235  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2298  hypothetical protein  64.4 
 
 		 193 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3207  hypothetical protein  50.57 
 
 		 208 aa  143  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.17097 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0131  hypothetical protein  34.76 
 
 		 186 aa  102  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.391144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1099  hypothetical protein  35.87 
 
 		 185 aa  96.7  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2690  hypothetical protein  36.47 
 
 		 203 aa  85.9  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4326  hypothetical protein  36.57 
 
 		 197 aa  85.5  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1336  hypothetical protein  31.41 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.416394  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5837  hypothetical protein  40.48 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0149  hypothetical protein  31.84 
 
 		 185 aa  73.9  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.222637  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2522  hypothetical protein  34.91 
 
 		 174 aa  68.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0904508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2435  hypothetical protein  27.57 
 
 		 185 aa  67.8  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6139  hypothetical protein  34.91 
 
 		 174 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1025  hypothetical protein  31.46 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.531684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3372  hypothetical protein  26.34 
 
 		 185 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02198  hypothetical protein  26.32 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0350  hypothetical protein  34.68 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0787888  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0881  hypothetical protein  30.13 
 
 		 176 aa  62  0.000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000429044  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2828  hypothetical protein  29.08 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0493816 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06381  hypothetical protein  28.35 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0831835 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0606  hypothetical protein  28.66 
 
 		 187 aa  58.9  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.755493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1195  hypothetical protein  30.25 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3886  hypothetical protein  29.45 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.652083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6196  hypothetical protein  27.57 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1436  hypothetical protein  25.15 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.341725  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0415  hypothetical protein  30.18 
 
 		 183 aa  57  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301102  normal  0.0386467 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71390  hypothetical protein  27.03 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1061  hypothetical protein  27.32 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.521066  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2206  hypothetical protein  29.13 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.224771  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2658  hypothetical protein  23.53 
 
 		 187 aa  55.1  0.0000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0999  hypothetical protein  27.51 
 
 		 255 aa  55.1  0.0000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1322  hypothetical protein  25.41 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2302  hypothetical protein  30.38 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2789  hypothetical protein  25.6 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3337  hypothetical protein  37.89 
 
 		 188 aa  52  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.783352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0311  hypothetical protein  40.74 
 
 		 207 aa  52  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.773139  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1522  hypothetical protein  26.56 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.546287  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0641  hypothetical protein  27.13 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.110827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0797  hypothetical protein  38.71 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1205  hypothetical protein  32.76 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.39038  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4870  acid-resistance membrane protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.756215 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3909  acid-resistance membrane protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03312  hypothetical protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.658927  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0203  putative HdeD protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0206  acid-resistance membrane protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0145817 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03359  acid-resistance membrane protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.493233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3713  acid-resistance membrane protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00199236  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3997  acid-resistance membrane protein  26.06 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1416  hypothetical protein  32.74 
 
 		 219 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1255  hypothetical protein  32.74 
 
 		 219 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.390712 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0779  hypothetical protein  26.7 
 
 		 182 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.289109  normal  0.0535205 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3322  hypothetical protein  27.57 
 
 		 208 aa  48.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.552455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4031  protein of unknown function DUF308 membrane  30.5 
 
 		 196 aa  48.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3835  hypothetical protein  29.27 
 
 		 190 aa  47.8  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3813  acid-resistance membrane protein  26.47 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1163  hypothetical protein  27.85 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.242998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0620  hypothetical protein  27.85 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.286873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4892  hypothetical protein  25 
 
 		 194 aa  47  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0566  hypothetical protein  27.59 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.484223 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2295  hypothetical protein  28.32 
 
 		 207 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.357303  normal  0.0308402 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0892  hypothetical protein  28.26 
 
 		 182 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0862368  normal  0.795998 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11640  hypothetical protein  28.57 
 
 		 195 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.233532 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32866  predicted protein  28.25 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.861678  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4460  hypothetical protein  26.19 
 
 		 457 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4468  hypothetical protein  39.13 
 
 		 215 aa  43.9  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.075562  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5490  hypothetical protein  27.98 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3822  hypothetical protein  28.18 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.108994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2203  hypothetical protein  29.14 
 
 		 184 aa  42.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.42645  normal  0.21455 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0564  acid-resistance membrane protein  24.86 
 
 		 189 aa  42  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0489975  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1092  acid-resistance membrane protein  24.86 
 
 		 189 aa  42  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1519  hypothetical protein  28.03 
 
 		 194 aa  42  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0502  acid-resistance membrane protein  24.86 
 
 		 189 aa  42  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0833  hypothetical protein  23.97 
 
 		 183 aa  42  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0410  hypothetical protein  36.23 
 
 		 206 aa  41.6  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.144489  normal  0.754821 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2831  protein of unknown function DUF308, membrane  37.04 
 
 		 197 aa  41.6  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3584  protein of unknown function DUF308, membrane  42.59 
 
 		 197 aa  41.2  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.339835  normal  0.0334062 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>