75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1313 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1730  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  82.75 
 
 		 429 aa  718    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1313  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  100 
 
 		 428 aa  862    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.29904 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3736  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  85.28 
 
 		 428 aa  713    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.255529  hitchhiker  0.00206765 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3981  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  83.88 
 
 		 428 aa  726    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.120682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6417  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  75.81 
 
 		 428 aa  632  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5283  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  72.53 
 
 		 422 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4816  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  72.77 
 
 		 422 aa  609  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  0.0186172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5361  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  72.05 
 
 		 422 aa  608  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.752323  normal  0.24577 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3718  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  74.58 
 
 		 420 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.834431  normal  0.0122696 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1848  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  72.36 
 
 		 424 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937776 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0623  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  71.95 
 
 		 440 aa  596  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.957648  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2042  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  71.03 
 
 		 426 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147701 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07951  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.33 
 
 		 418 aa  547  1e-154  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05981  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  63.84 
 
 		 419 aa  538  9.999999999999999e-153  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.926498 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1873  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  63.34 
 
 		 418 aa  531  1e-150  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1637  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.19 
 
 		 424 aa  526  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0161  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.69 
 
 		 427 aa  527  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05471  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  63.84 
 
 		 418 aa  525  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1619  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  64.53 
 
 		 416 aa  525  1e-148  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.43602  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1010  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.58 
 
 		 428 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.398895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3534  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  63.62 
 
 		 427 aa  524  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0747  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.59 
 
 		 425 aa  522  1e-147  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.957633  normal  0.357282 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06091  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.58 
 
 		 418 aa  514  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0545  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  60.64 
 
 		 418 aa  513  1e-144  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0285  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  64.61 
 
 		 428 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1928  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  64.61 
 
 		 428 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.472722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06011  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  60.64 
 
 		 418 aa  511  1e-143  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05711  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  59.8 
 
 		 418 aa  510  1e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.847677  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1910  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  39.85 
 
 		 415 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.902944  hitchhiker  0.00090668 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1536  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  38.8 
 
 		 414 aa  265  2e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.120446  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0215  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.86 
 
 		 420 aa  256  6e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3481  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  37.44 
 
 		 425 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1420  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.78 
 
 		 466 aa  253  5.000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.172263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2373  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.93 
 
 		 466 aa  252  7e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2304  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  34.75 
 
 		 467 aa  252  1e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2330  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  34.08 
 
 		 467 aa  251  2e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2194  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.47 
 
 		 420 aa  250  3e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0324  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.47 
 
 		 420 aa  249  1e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.754207  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2388  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.1 
 
 		 420 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2260  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.63 
 
 		 420 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.307743 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1530  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.71 
 
 		 465 aa  247  3e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0817  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.58 
 
 		 466 aa  247  3e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0125392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0789  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.58 
 
 		 466 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.48 
 
 		 468 aa  243  5e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2029  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.61 
 
 		 420 aa  241  2e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0292807 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.25 
 
 		 427 aa  241  2e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0605  hypothetical protein  35.81 
 
 		 447 aa  107  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2035  chlorophyllide reductase subunit Y  26.2 
 
 		 412 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2387  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.51 
 
 		 535 aa  57  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1863  chlorophyllide reductase subunit Y  24.29 
 
 		 415 aa  56.2  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2075  chlorophyllide reductase subunit Y  25.54 
 
 		 412 aa  55.8  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.027568  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1817  oxidoreductase/nitrogenase component 1  25.18 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0325  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.6 
 
 		 535 aa  53.9  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00842285  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2082  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  24.59 
 
 		 347 aa  53.1  0.000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3257  chlorophyllide reductase subunit Y  25.22 
 
 		 422 aa  53.1  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212884 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0164  hypothetical protein  24.74 
 
 		 339 aa  52.4  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0281  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  21.21 
 
 		 423 aa  50.4  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0757727  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0216  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.86 
 
 		 525 aa  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0404  NifH/frxC-family protein  23.1 
 
 		 731 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.394931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1909  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.08 
 
 		 568 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  24.01 
 
 		 466 aa  49.3  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2703  nitrogen fixation protein NifH/NifE  23.34 
 
 		 746 aa  49.7  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0148  nitrogenase  21.83 
 
 		 459 aa  47.8  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4027  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  20.82 
 
 		 463 aa  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.762261 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3744  chlorophyllide reductase subunit Y  22.54 
 
 		 422 aa  47.8  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000125918 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0280  NifH/frxC  20.98 
 
 		 728 aa  47.4  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.359044  normal  0.513981 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2411  chlorophyllide reductase subunit Y  25.11 
 
 		 411 aa  47  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1427  nitrogenase  22.58 
 
 		 469 aa  47  0.0007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2273  nitrogenase associated protein N  21.5 
 
 		 446 aa  47  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2193  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.32 
 
 		 535 aa  46.6  0.0009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5282  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.17 
 
 		 531 aa  46.2  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.05 
 
 		 531 aa  45.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.0343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1847  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.04 
 
 		 532 aa  45.1  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.756784  normal  0.0103216 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0168  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  27.52 
 
 		 533 aa  43.9  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488812  normal  0.836234 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1145  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  33.33 
 
 		 546 aa  43.1  0.01  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.990957 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>